Kontroloři konkrétně prověřili například to, jak podnik nakládal se svěřeným majetkem, jaké měl náklady na těžbu dříví nebo jak reagoval na zmenšení vojenských újezdů. V rámci kontroly se NKÚ soustředil také na to, jak Ministerstvo obrany plnilo své povinnosti zakladatele státního podniku. VLS hospodařily se svěřeným majetkem v hodnotě 8,5 miliardy korun až na několik případů bez větších problémů.

Podnik například postavil rodinný dům pro ubytování ředitele divize Karlovy Vary za více než 7,3 milionu korun. Takové náklady jsou podle NKÚ neúměrně vysoké s ohledem na to, jaký účel má tato stavba plnit. Řešit ubytování zaměstnance – přestože se jedná o vedoucího pracovníka – výstavbou rodinného domu s pozemkem vysoce překračuje obvyklý standard poskytovaných benefitů. Rodinný dům s rozlohou 233 m2 a pozemkem přesahujícím 2 500 m2 je i v ostrém kontrastu s bydlením ostatních ředitelů divizí, které se svou rozlohou pohybuje od 25 m2 do 54 m2 obytné plochy.

VLS zbytečně chybovaly i v případě pronájmů svého majetku – podnik několik let nevymáhal úroky z prodlení, smluvní pokuty nebo nevalorizoval nájem, přestože podle uzavřených smluv takto postupovat měl. S vymáháním začal až v době kontroly v roce 2018.

Kontroloři se zaměřili také na výnosy z prodeje vytěženého dříví. V letech 2015 až 2017 získal podnik VLS za 1 m3 v průměru 1 420 korun. Pro srovnání – u státního podniku Lesy ČR se jednalo v průměru o 1 267 korun za 1 m3. Jedním z důvodů větších výnosů VLS bylo to, že podnik prodával dříví vlastními silami – smluvně zadával jen těžbu.

Hospodářský výsledek VLS byl ve všech letech kontrolovaného období kladný.

V rámci kontroly Ministerstva obrany jakožto zřizovatele podniku odhalil NKÚ několik nedostatků. Ty se týkaly například nedostatečné kontroly podniku, neaktualizování zakládací listiny podniku, stejně jako jeho strategie, ve které by určilo, jaké úkoly by měly Vojenské lesy a statky plnit ve zrušených vojenských újezdech. Jde například o likvidaci nepotřebných objektů, které jsou ve špatném technickém stavu, nebo urychlení pyrotechnické očisty.