Vzhledem k tomu, že kontrola začala v průběhu účetního období 2023, mohlo MD průběžně opravovat významné nedostatky, které by ve výši 24,6 mld. Kč měly vliv na zůstatky položek účetní závěrky MD za rok 2023. Týkaly se zejména nesprávného účtování podmíněných pohledávek a podmíněných závazků z předfinancování transferů. MD na základě upozornění NKÚ změnilo v průběhu kontroly systém jejich účtování, čímž vytvořilo předpoklady pro zamezení opakování zjištěných nesprávností v budoucnu; díky tomu lze považovat vnitřní kontrolní systém MD v prověřovaných oblastech za účinný.

Závěrečný účet MD a údaje, které MD předložilo pro hodnocení plnění státního rozpočtu za rok 2023, neobsahovaly významné nesprávnosti; tyto údaje jsou proto dle NKÚ spolehlivé.

NKÚ také prověřil opatření k nápravě nedostatků zjištěných při předchozí kontrolní akci č. 19/08. MD v roce 2020 informovalo vládu, že všechna potřebná opatření z této kontroly byla přijata. Kontroloři však zjistili, že MD tři z deseti přijatých opatření nerealizovalo do roku 2023 účinně a správně. MD tak nepodalo v roce 2020 vládě spolehlivé informace. Pokud by MD účinně realizovalo veškerá opatření již v roce 2020, nemuselo by v roce 2023 provádět opravy ve výši 7,6 mld. Kč.