Kůrovcová kalamita začala gradovat v roce 2016. Lesy ČR ale na tuto situaci reagovaly jen dílčími opatřeními, jako bylo omezení úmyslné těžby nebo přesun pracovníků na zpracování kůrovce. MZe podnik nijak nenutilo, aby postupoval v řešení kalamity razantněji. Systémové řešení přijaly Lesy ČR až v roce 2019 ve strategii na léta 2019 až 2024.

Lesy ČR prodávaly dříví převážně dvěma obchodními modely. V prvním Lesy ČR nesou veškeré náklady na těžbu a prodávají dřevo ve vlastní režii. V roce 2018 tímto způsobem prodaly cca 7 % dříví s průměrnou cenou 1 263 Kč/m3.

Druhý model spočívá v přenesení nákladů na těžbu nebo jejich části na odběratele. Tímto způsobem Lesy ČR v roce 2018 prodaly cca 93 % dříví. Průměrná cena dříví při prodeji „na stojato“ v elektronické aukci byla 613 Kč/m3, při prodeji celých skácených stromů dosáhla 786 Kč/m3.

Do roku 2017 byl pro Lesy ČR výhodnější druhý obchodní model. Při extrémní kůrovcové kalamitě už ale tak výhodný nebyl, a to kvůli zvýšeným nákladům a zároveň nižším prodejním cenám dříví. U tohoto způsobu prodeje Lesy ČR uzavírají s odběrateli dlouhodobé, převážně pětileté komplexní smlouvy na lesnické práce. Tento přístup ale není dostatečně flexibilní. Lesy ČR tak v době kalamity nebyly schopny včas reagovat na situaci, kdy rostla nahodilá těžba, klesaly ceny dřeva a na trhu byl nedostatek pracovních sil a lesnické techniky.

V době před kalamitou si udržovaly Lesy ČR finanční soběstačnost. Od roku 2013 zákon umožňuje MZe rozhodnout o přidělení části zisku Lesů ČR do fondu zakladatele. V letech 2013 až 2018 do něj převedly celkem téměř 32 miliard korun. Prostředky převedly na základě rozhodnutí MZe i v době gradace kůrovcové kalamity, a to v daleko větší míře, než tomu bylo v okolních zemích. Fond pak vláda svým usnesením zapojila do státního rozpočtu. V roce 2019 se snížil objem volných prostředků natolik, že Lesy ČR přešly na provozní financování prostřednictvím úvěru. Kladný hospodářský výsledek se předpokládá až v roce 2024.

Kontroloři prověřili u Lesů ČR i nakládání s nepotřebným majetkem a nákup právních, propagačních a dalších služeb. Podnik zde neměl žádné nedostatky a podařilo se mu také napravit nedostatky, které zjistila předchozí kontrola NKÚ.