Kontroloři se zaměřili na výdaje za nákup kancelářských potřeb, jazykové vzdělávání, poradenské služby nebo ostrahu a úklid budov jednotlivých resortů. Prověřili výdaje v letech 2013 a 2014 za téměř 245 milionů korun. Nehospodárný postup při vynakládání peněz zjistili kontroloři u všech tří ministerstev. Chyby našli i v účetnictví a zadávání veřejných zakázek.

Kontroloři zjistili, že MO nesprávně zadávalo zakázky na nákup kancelářských potřeb a tonerů jako zakázky malého rozsahu. Celková hodnota dodávek byla ale v kontrolovaných letech 79 milionů korun bez DPH. Překročila tak limit daný zákonem pro tento typ zakázek. MO proto nemohlo vybírat z více nabídek a vybrat případně výhodnějšího dodavatele. Ministerstvo tímto postupem porušilo rozpočtovou kázeň. Při kontrole výdajů za kancelářské potřeby NKÚ také zjistil, že cena za jedno balení 500 kusů kancelářského papíru A4 se u jednotlivých resortů výrazně lišila. V kontrolovaných letech za něj ministerstva platila od téměř 67 korun do téměř 86 korun.

Také při prověřování výdajů na jazykové kurzy odhalila kontrola u jednotlivých ministerstev velké rozdíly. MPSV například platilo za jednu lekci angličtiny 1,5 krát víc než MO. Ceny za lekci angličtiny se u ministerstev v kontrolovaném období pohybovaly od 299 do 450 korun. Kontroloři také zjistili, že MZe zaplatilo v roce 2013 téměř 2,5 milionu korun s DPH za jazykové kurzy, které měly proběhnout až v dalším roce. Jednomu poskytovateli dokonce zaplatilo dopředu přes 1,4 milionu korun. MZe tak porušilo rozpočtovou kázeň.

Kontroloři prověřili i výdaje za poradenské, konzultační a právní služby. Zjistili, že MZe zaplatilo za účast odborného experta na dvanácti veřejnosprávních kontrolách téměř 4,7 milionu korun, i když má pro tyto kontroly samostatný odbor s 20 zaměstnanci.

Velké rozdíly v jednotkových cenách našla kontrola i v platbách ministerstev za úklid budov. Ceny za úklid 100 m2 plochy se v kontrolovaných letech pohybovaly od téměř 226 korun bez DPH u MO do 1 370 korun bez DPH u MPSV. Kontroloři navíc zjistili, že MPSV platilo měsíčně za úklid v jedné budově o 3,5 tisíce korun víc, než mělo ve smlouvě. To, že byla na fakturách vyšší cena, ministerstvo nezjistilo a platilo vyšší cenu už od roku 2009. MPSV tak celkem zaplatilo úklidové firmě navíc přes 101 tisíc korun a porušilo tím rozpočtovou kázeň.

Kromě úklidu prověřili kontroloři i náklady na ostrahu budov ministerstev. Zjistili, že MPSV v kontrolovaném období neověřovalo, jestli je pro něj výhodné zajišťovat ostrahu jedné z budov vlastními zaměstnanci. Zabývat se tím začalo až v roce 2015. Z analýzy ministerstvo zjistilo, že platilo za ostrahu vlastními zaměstnanci až 190 korun za hodinu. To bylo o 91,5 % víc, než byla průměrná cena za hodinu této služby podle Českého statistického úřadu. V roce 2015 proto ve veřejné soutěži vybralo externího dodavatele s cenou 86 korun za hodinu bez DPH.