Příjemci podpory od ledna 2020 do konce dubna 2025 z tohoto programu vyčerpali 1,7 mld. Kč. NKÚ při kontrole zjistil, že ačkoliv příjemci podpory u kontrolovaných projektů dosáhli plánovaných výsledků, ty v některých případech nevedly k využití v praxi. Kontrola dále ukázala, že „Informační systém výzkumu, vývoje a inovací“ neposkytuje správné a spolehlivé informace a že Ministerstvo dopravy (MD) nebude schopno vyhodnotit úspěšnost programu DOPRAVA 2020+. U poloviny z 10 kontrolovaných projektů našel NKÚ problémy snižující účelnost a u téměř jedné třetiny pak i hospodárnost vynaložených prostředků.

Ministerstvo dopravy v roli externího aplikačního garanta nepřispělo k zavedení výsledků do praxe, ačkoliv právě to by mělo být úkolem aplikačního garanta. Odpovědnost za uplatnění výsledků v praxi však garant nenese. Tu má příjemce podpory. Důsledkem takto nastavených podmínek je riziko snížení účelnosti poskytnutých prostředků, které se potvrdilo u dvou ze tří kontrolovaných projektů.