Významné nesprávnosti se ministerstvu podařilo odstranit v průběhu kontroly. Napravilo také většinu nedostatků, na které poukázaly předchozí kontroly NKÚ.

Významné nesprávnosti za 3 miliardy korun, které kontroloři zjistili ve vedení účetnictví, MO odstranilo ještě během kontroly a před uzavřením účetních knih za rok 2017. Další chyby, které NKÚ zjistil v účetní závěrce, už nebyly významné. Týkaly se například dlouhodobého nehmotného majetku, výnosů z prodeje letounů nebo časového rozlišení nákladů. Účetní závěrka MO proto podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

V údajích předkládaných pro hodnocení plnění státního rozpočtu zjistili kontroloři nedostatky, které nebyly významné. Vznikly zejména při zatřídění výdajů na informační a komunikační technologie. V závěrečném účtu ministerstvo chyby nemělo.

NKÚ prověřil i nápravu nedostatků, které zjistil při svých předchozích kontrolách u MO. Ministerstvo ke všem přijalo nápravná opatření a většinu nesprávností se mu podařilo odstranit.