Ve výroku I. rozhodnutí prvního stupně došlo ve druhostupňovém správním řízení ke změně, a to doplněním ustanovení § 82 odst. 7 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, jež bylo účinné ke dni spáchání správního deliktu, a tudíž mělo být na rozhodný případ rovněž aplikováno. V rozporu s tímto paragrafem zadavatel umožnil podstatnou změnu práv a povinností vyplývajících z uzavřené kupní smlouvy. Tuto skutečnost Úřad v prvostupňovém rozhodnutí reflektoval, avšak nepromítl ji do výroku uvedením tohoto konkrétního ustanovení. Právní posouzení dané věci zůstalo nezměněno, a proto ve zbytku předseda Úřadu rozhodnutí prvního stupně potvrdil. 

České dráhy uzavřely v červnu 2012 dodatek k původní kupní smlouvě se společností ŠKODA VAGONKA a. s. z roku 2011, jenž měnil ustanovení týkající se smluvní pokuty. Zadavatel neměl být nově oprávněn požadovat smluvní pokutu za prodlení s dodávkou jednotky za dobu, kdy tato jednotka bude ve zkušebním provozu s cestujícími. Uvedeným dodatkem došlo k podstatné změně smlouvy a postup zadavatele mohl ovlivnit výběr nejvhodnější nabídky. Vybraný dodavatel byl tedy změnou provedenou dodatkem zvýhodněn oproti jiným konkurenčním uchazečům. Pokud by zadavatel již při zahájení zadávacího řízení stanovil, že smluvní pokuta nebude požadována v průběhu zkušebního provozu, nelze vyloučit, že by měla pozitivní dopad na počet obdržených nabídek a že by zadavatel mohl obdržet výhodnější nabídku od některého z dalších potenciálních dodavatelů. Za správní delikt Úřad uložil Českým drahám sankci ve výši 200 tisíc korun.