Mezi hlavní cíle nového prezidenta patří vyrovnaná agrární soustava se zhodnocením produkce živočišných odvětví a s důrazem na silnou a v evropském kontextu konkurenceschopnou intenzivní výrobu jak v zemědělství, tak zpracovatelském průmyslu. 

Jak sám k tématu uvádí: „Zemědělci by měli být hodnoceni především podle toho, co přináší společnosti. Jednoduše řečeno, kolik vrací společnosti zpátky z podpor ať už formou produkce, tvorby pracovních míst nebo formou odvodů do státního rozpočtu,“ a dále k tématu doplňuje, „u subjektů, u které nic nevyrábí a nikoho nezaměstnávají, by mělo dojít k přehodnocení poskytovaných podpor.“

Další stěžejní okruhy, vycházející z reakce na stávající dění  v sektoru, vidí nový prezident komory především v podpoře kvalitního života na venkově, udržení pracovních míst a profesního uplatnění, růst konkurenceschopnosti, inovace a modernizace zemědělských a potravinářských výrob, ochraně a zhodnocování půdy, ale také v důrazu na specifika podnikání v intenzivních a extenzivních oblastech. S tím úzce souvisí na evropské úrovni aktuálně zahájená diskuze k nastavení společné zemědělské politiky po roce 2020 a národní zemědělské programy vycházející z podpory živočišných výrob a citlivých komodit, jako je ovoce, zelenina, či chmel. Jak zde prezident Jandejsek zdůrazňuje: „Sektor ale musí být vnímán jako široký komplex odvětví výrobního zemědělství a potravinářství, ale se zapojením všech prolínajících se a navazujících oborů, tedy včetně lesnictví, či rybářství, ale také s oporou v zemědělském školství a vzdělávání nezbytných k řešení generační obměny. Zásadní pak také vidím propojení výstupů vědy a výzkumu do samotné praxe.“

Souběžně s tím musí být zvýrazněn význam českých potravin a propagace jejich původu a přínosů za spravedlivého přístupu kontrolních orgánů k domácím a zahraničním producentům ve smyslu ochrany před dovozy za jiné než deklarované kvality či cen. Za zcela zásadní pak Jandejsek považuje řešení problematiky obchodních řetězců: „Je nepřijatelné, aby zástupci řetězců určovali vývoj maloobchodního trhu tak, že doslova likvidují české výrobce. Požadavky jsou nemorální, podráží českým podnikům možnost rozvoje a chceme se proto zasadit o nápravu na úrovni EU. Naši zemědělci mají ambici nabídnout českým spotřebitelům výsledky své práce, což však nejsou jenom kvalitní a bezpečné potraviny, dovozy pak měly být jen zpestřením a doplněním této nabídky.“ Zdeněk Jandejsek chce dále posilovat pozici Agrární komory ČR jako největší a nejsilnější nevládní organizace zahrnující všechny formy a velikosti podnikání s tím, že je připraven k otevřené diskuze se všemi partnery, kterou chce založit na důvěře, respektu a obhajobě společných zájmů.