Nicméně první analýzou kontrolních hlášení byly též u některých plátců zjištěny v jejich vykázaných obchodních případech nesrovnalosti, které správce daně nyní musí prošetřit.

Jedním z možných způsobů prošetření je zaslání výzvy k prověření nesrovnalostí podle zákona o dani z přidané hodnoty. Plátce daně je na základě této výzvy povinen do pěti dnů podat následné kontrolní hlášení, jinak se vystavuje postihu ve formě sankce ve výši minimálně 30 tisíc korun.

Druhou možností je postup podle daňového řádu, kdy správce daně telefonicky nebo emailem kontaktuje plátce s požadavkem na doložení dokladů k transakci, u které byly zjištěny nesrovnalosti. V odůvodněných případech může být plátci zaslána i výzva v rámci postupu k odstranění pochybností.

Oba tyto způsoby prošetřování (jak podle zákona o DPH, tak podle daňového řádu) jsou zcela legitimní a v souladu s platnou legislativou.

Aby nedocházelo k enormnímu zatěžování plátců výzvami k podávání následných kontrolních hlášení s případnými sankcemi, upřednostňuje Finanční správa v prvních měsících po účinnosti kontrolního hlášení méně formální a také méně pro plátce zatěžující postup prověřování podle daňového řádu. Ostatně na tento způsob šetření jsou plátci daně již z minulosti zvyklí a připravení.

Institut kontrolního hlášení je teprve v počáteční fázi, kdy je nezbytné identifikovat, které problematické transakce vznikly pouze z důvodu nepřesného vyplnění údajů, a které mají svůj základ v krácení daně. Proto se Finanční správa snaží vhodným způsobem včas upozornit plátce na zjištěné nepřesnosti, aby se při dalším podávání kontrolního hlášení již nevyskytovaly a daň byla vyměřena ve správné výši.