Ihned po schválení studie bude následovat pokračování investiční přípravy přeshraniční části stavby mezi Ústím nad Labem a Heidenau i mezi Prahou a Lovosicemi/Litoměřicemi. Tento úsek se rozdělí na dva: Praha-Balabenka – odbočka Oleško a odbočka Oleško – Litoměřice.

Již první etapa studie prověřila potenciál, který může vysokorychlostní trať přinést regionům, jimiž bude procházet. Na základě benefitů, jako je přiblížení sídel v regionech k hlavnímu městu a sobě navzájem, došlo ke změně koncepce trati a Správě železnic bylo Ministerstvem dopravy uloženo dále rozvíjet trasu, která sice neodpovídá koridoru územní rezervy historicky vložené do Zásad územního rozvoje Ústeckého kraje, ale která zohledňuje současnou koncepci dopravní obsluhy regionů. Ta by v trase původního koridoru nebyla funkční.

V rámci projednávání trasy nové železnice probíhají jednání se zástupci samospráv dotčených obcí, na základě jejich stanovisek budou následně vydány podmínky, za kterých bude možné pokračovat v další přípravě a schvalování jednotlivých stadií předprojektové a projektové přípravy stavby vybrané trasy. Další příležitostí k zapojení obcí při přípravě stavby bude stupeň dokumentace k územnímu řízení a s ním související proces EIA – proces posouzení vlivů záměru (myšlena je jak výstavba trati, tak její budoucí provozování) na životní prostředí.

Úsek Praha – Lovosice jakožto součást hlavní části (core network) transevropské dopravní sítě TEN-T by měl být podle dopravní politiky EU dokončen do roku 2030. Pro splnění tohoto cíle připravuje Správa železnic v návaznosti na výše zmíněné projednání studie proveditelnosti vypsání soutěže na zhotovení dokumentace pro územní rozhodnutí a posouzení EIA, a to již na počátek příštího roku.

Příprava přeshraničního úseku – česko-německého Krušnohorského tunelu je nejdále. Ve spolupráci s německou stranou jsou připravovány zakázky na projektové řízení přípravy stavby, zpracování dokumentace pro územní rozhodnutí nebo průzkumy a posudky potřebné pro výstavbu tunelu (geodetické zaměření, geologie, ochrana přírody aj.). Projektové řízení podle německého vzoru bude uplatněno jak na samotný 26 kilometrů dlouhý tunel, s jehož zprovozněním oba státy počítají ve druhé polovině příštího desetiletí, tak na navazující trať od tunelu do Ústí nad Labem.