Stará verze zákona o střetu zájmů zakazovala členům vlády podnikatelské aktivity, zároveň ale nebránila tomu, aby vlastnili většinový podíl v nějaké firmě. Vyžadovala však, aby prostřednictvím vlastnických práv nijak neovlivňovali chod firmy nebo její management. Auditorská zpráva uvádí, že Babiš, který se po volbách do Sněmovny v roce 2013 vzdal funkcí ve vedení Agrofertu, do chodu holdingu zasahoval. Jako příklad uvádí jeho rozhodnutí jako jediného akcionáře o rozdělení zisku za rok 2013, několik úprav stanov holdingu nebo rozhodnutí o propuštění jednoho ze členů představenstva.

Podle auditní zprávy tyto kroky dokazují, že se Babiš podílel na řízení Agrofertu, což znamenalo porušení zákona o střetu zájmů. „Právní služba komise si nicméně uvědomuje, že příslušný paragraf zákona neobsahuje specifické ustanovení, které by zakazovalo poskytování veřejné podpory, včetně té z evropských fondů, firmám, v nichž působil veřejný činitel,“ uvádí zpráva.

Právní situace se podle dokumentu změnila, když 9. února 2017 vstoupil v platnost lex Babiš. Tato novela zakazuje společnostem, v nichž mají členové kabinetu nejméně čtvrtinový podíl, aby se ucházely o veřejné zakázky, nenárokové dotace a investiční pobídky. Součástí zákona je i ustanovení, které zakazuje členům vlády provozovat rozhlasové a televizní vysílání a vydávat periodický tisk.

Babiš kvůli novele vložil Agrofert do svěřenských fondů, holding se díky tomu nadále mohl ucházet o veřejnou podporu. Právní služba EK ale dospěla k závěru, že Babiš tímto krokem český zákon nenaplnil. Jako zakladatel a jediný beneficient svěřenských fondů má podle zprávy ekonomický zájem na úspěchu holdingu a nepřímo ho kontroluje. „Firmy v holdingu by proto neměly dostávat dotace a veškerá veřejná podpora, včetně prostředků z Evropského regionálního a rozvojového fondu, Evropského sociálního fondu a Kohezního fondu, poskytnutá od 9. února 2017, je porušením zákona o střetu zájmů,“ uvádí zpráva.

Zpráva navrhuje, aby Česko vrátilo 100 procent poskytnutých dotací z uvedených fondů pro holding Agrofert od 9. února 2017. Kromě toho audit odhalil velkou míru chybovosti při udělování dotací Agrofertu a zpráva navrhuje vrácení poměrné části peněz i z dalších projektů. Celkem by Česko podle materiálu mělo vracet 451 milionů korun.

Ke zprávě se budou moci ještě vyjádřit české úřady, než Evropská komise rozhodne o konečném znění a zveřejní konečné rozhodnutí ohledně peněz z fondů.