Pod premiéra na úřadu vlády spadá odbor protidrogové politiky, v jehož čele stojí národní protidrogový koordinátor Jindřich Vobořil. Babišův kabinet, který nezískal důvěru a je v demisi, chtěl odbor přesunout na ministerstvo zdravotnictví. Kritizovali to opoziční Piráti či lidovci. Podle nich to mohlo oslabit fungování odboru i ohrozit dobré jméno českého přístupu v zahraničí. Proti byly také protidrogové organizace. Po jednáních se agenda nakonec nepřesune a zůstane v gesci předsedy vlády.

Odbor protidrogové politiky prosazuje vyvážený přístup, který zahrnuje represi, prevenci a léčbu. Pod Vobořilovým vedením se větší důraz začal klást nejen na řešení problémů s nelegálními drogami, ale i s těmi legálními a s hazardem. Vobořil dlouhodobě poukazuje na nadměrné pití alkoholu v Česku, kritizuje hlavně snadný přístup dětí k alkoholickým nápojům. Postavil se před časem proti návrhu na snížení DPH u piva, s nímž přišel Babiš. Už před podzimními sněmovními volbami Vobořil řekl, že pokud zůstane ve funkci, bude prosazovat zvýšení daní na alkohol.