Policie oba obviněné navrhla obžalovat na konci května. Babiš i Nagyová vinu odmítají, v létě podali návrh na zastavení svého stíhání.

Šaroch má podle pokynů pražského vrchního státního zastupitelství, které ve věci vykonává dohled, rozhodnout o návrhu na podání obžaloby do dnešního dne, pražské městské státní zastupitelství, na kterém Šaroch působí, ale už dříve avizovalo, že se lhůta může ještě měnit. Pražská vrchní státní zástupkyně Lenka Bradáčová v polovině srpna uvedla, že podle jejího názoru zřejmě nebude možné lhůtu dodržet.

Babiše a Nagyovou policie obvinila z poškození finančních zájmů EU a dotačního podvodu v roce 2017. Podstatou kauzy je to, že farma Čapí hnízdo původně patřila Babišovu holdingu Agrofert, v prosinci 2007 se přeměnila na akciovou společnost s akciemi na majitele a později získala evropskou dotaci v programu pro malé a střední podniky. Akcie vlastnily Babišovy děti a partnerka. Na dotaci by farma jako součást Agrofertu neměla nárok. Po několika letech se společnost pod Agrofert vrátila. Babiš holding v roce 2017 vložil do svých svěřenských fondů.