Šiška vinu odmítl. Společně s ním usedli na lavici obžalovaných někdejší ředitelé IT odboru ministerstva Milan Hojer a René Piták.

„Necítím se být vinen v žádném bodu obžaloby. Nejsem si vědom, že bych porušil nějaký zákon nebo nařízení ministerstva. V obžalobě k tomu není žádný důkaz. Ze svědeckých výpovědí naopak vyplývá, že jsem pracoval svědomitě,“ vypověděl Šiška u pražského městského soudu, kam ho společně s Hojerem přivedla vězeňská eskorta.

Šiška podle obžaloby rozhodl z pozice prvního náměstka ve druhé polovině roku 2011, že MPSV přejde na nový účetní systém správní ekonomiky. Proto uložil tehdejšímu řediteli IT odboru Pitákovi, aby ukončil smlouvu s dosavadním dodavatelem, firmou Dusil a spol.

Státní zástupkyně Šiškovi vyčítá, že následně nenařídil vyhlášení zadávacího řízení na nového dodavatele, ale údajně vědomě porušil zákon o veřejných zakázkách a věc zadal přímo firmě Atos IT Solution and Services. Pitákův nástupce Hojer pak na ministerstvu údajně nepravdivě uvedl, že zakázku může realizovat pouze Atos.

Šiška obžalobu zkritizoval mimo jiné za to, že nezkoumala technické a časové podmínky v době realizace projektu. „Soudy opakovaně přiznávají můj podíl na obrovských úsporách státního rozpočtu. Žádný soud nikdy neřekl, že bych způsobil státu škodu nebo že bych se osobně obohatil,“ zdůraznil.

Podle státní zástupkyně obstarali obžalovaní Atosu neoprávněný čistý zisk ve výši minimálně 8,1 milionu korun, z toho Hojer 1,2 milionu a Piták zhruba 17.000 korun. Obžaloba jim klade za vinu zneužití pravomoci, Šiškovi s Hojerem pak také porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže. Šiškovi za to hrozí až 12 let, Hojerovi až deset a Pitákovi až pět let vězení. Soudkyně Veronika Čeplová případ dvakrát vrátila k došetření, podruhé se však do věci vložil vrchní soud a nařídil jí věc projednat.

Kvůli Šiškovým kauzám rezignoval v říjnu 2012 ministr práce Jaromír Drábek (TOP 09). Policie vedla proti Šiškovi celkem pět trestních stíhání, kauza Atos je poslední z nich. Soudy Šišku v minulosti uznaly vinným ve dvou případech – zmanipulování ministerských IT zakázek pro firmu Fujitsu a vydírání firmy OKsystem. Hojer je za mřížemi na tři roky za vydírání OKsystemu a za to, že po odchodu z ministerstva kradl elektroniku v restauracích. Piták nemá v rejstříku trestů žádný záznam.