Ministerstvo zdravotnictví začalo o chytré karanténě jako inspiraci z Jižní Koreje nebo Izraele mluvit ve druhé polovině března. V celém zemi pak měla fungovat od Velikonoc. Podle dřívějšího vyjádření náměstka ministra zdravotnictví Romana Prymuly se podobné celostátní projekty obvykle připravují několik měsíců i roky.

U každého nakaženého se hygienici i dosud snažili zjistit všechny rizikové kontakty, tedy osoby, se kterými byl nemocný v bližším nebo déle trvajícím kontaktu. U každého by to podle Prymuly měli stihnout do tří dnů. Obvolávání těchto lidí si mohou nově rozdělit s call centrem, kde pracující vojenští medici, samotné epidemiologické šetření, tedy zhruba hodinový rozhovor, provede epidemiolog z hygieny. Podle zákona o ochraně veřejného zdraví má každý povinnost hygienikům sdělit všechny okolnosti, které se týkají nákazy.

Pomoci vzpomenout si na rizikové kontakty může lidem takzvaná vzpomínková mapa vytvořená z dat mobilního operátora a platební karty, která ukáže místa pohybu za posledních pět dní. Hygienici je budou moci použít ale jen v případě, že s tím dá nemocný souhlas. Podobně může data poskytnout také mobilní aplikace eRouška, která je součástí chytré karantény.

Hygienici pak všechny kontakty osloví a pošle do preventivní karantény. Po nejméně pěti dech od posledního kontaktu jim bude udělaný test výtěrem z nosohltanu. Odstup několika dní je podle odborníků potřeba, aby se virus v těle rozvinul a test ho byl schopen odhalit. Podle výsledku testů pak lidé v karanténě buď zůstanou do uzdravení nebo jim ji lékař ukončí.

Část hygieniků v otevřeném dopise vládě a poslancům uvedlo, že podle nich v současné době, kdy přibývá málo nakažených, dohledávání nemocných neurychlí. Zhruba šest desítek podepsaných se ohradilo proti tomu, že by byli "zadržovatelem pokroku". Reagovali na slova náměstka Prymuly o tom, že zavádění nových systémů nešlo úplně hladce.