V červnu pak policie zasahovala v nemocnicích Na Bulovce a Na Františku, kterou vlastní městská část Praha 1 a kterou vedl Robert Zelenák. Vrbovská, Novák, další náměstkyně ředitele Bulovky Marie Nushiová a Zelenák byli obviněni kvůli manipulaci s veřejnými zakázkami spolu se severočeským podnikatelem Tomášem Horáčkem. Jeho firmy, zejména První chráněná dílna, získávaly nemocniční zakázky cíleně jako jediný uchazeč. Nováka a Nushiovou ministr odvolal v červenci, Zelenák rezignoval.

K dnešnímu dni ministr odvolal ředitelku Všeobecné fakultní nemocnice (VFN) v Praze Danu Juráskovou, která byla ministryní zdravotnictví ve vládě Jana Fischera. „Okolnosti kolem Všeobecné fakultní nemocnice se velice podobají okolnostem kolem Nemocnice Na Bulovce, které jsou stále postupně rozkrývány orgány činnými v trestním řízení,“ uvedl v tiskové zprávě ministr. Jurásková serveru Seznam Zprávy řekla, že s výsledky ministerské kontroly nesouhlasí.

Po dohodě s ministrem skončil v červenci také ředitel Nemocnice Na Homolce Ivan Oliva. „Nemocnici jsem v říjnu 2014 převzal hluboce podinvestovanou a se čtvrtmiliardovým dluhem. Jsem přesvědčen, že jsem odvedl dobrou práci a jako krizový manažer jsem svůj úkol splnil,“ sdělil ČTK po svém odchodu.

Ministr už v lednu snížil managementu nemocnice odměny na polovinu, protože neukončila nákupy materiálu přes dceřinou firmu, což podle něho odporuje zákonu o veřejných zakázkách.

Kromě šéfů pražských nemocnic musel v únoru skončit také ředitel Fakultní nemocnice Ostrava a další bývalý ministr zdravotnictví Svatopluk Němeček (ČSSD). Odvolání ministr zdůvodnil manažerským selháním vedoucím k odborné a personální destabilizaci nemocnice, umělým navyšováním hospodářského výsledku a střetem zájmů, protože působil i ve vedení nemocnice v Bohumíně.

Němeček to označil za politické rozhodnutí. Měl spory s premiérem Andrejem Babišem (ANO) ještě v době, kdy byl Babiš ministrem financí. Ministerstvo podalo trestní oznámení kvůli nákupu zdravotnického přístroje pro nemocnici. Babiš nákup uváděl jako příklad tunelování v českém zdravotnictví, protože byl podle něj předražený. Policie ale případ odložila. Politická opozice po Němečkově odvolání kritizovala, že vláda v době, kdy neměla důvěru Sněmovny, dělala velké množství personálních změn.

Po Němečkově odvolání vedl nemocnici Evžen Machytka, po osmi měsících ale skončil kvůli sporům s přednosty klinik nemocnice, zástupci lékařské fakulty a odbory. Nemocnici jako pověřený ředitel vede chirurg a dosavadní náměstek ředitele pro vědu a výzkum Petr Vávra. Ministerstvo vypsalo na nového ředitele výběrové řízení. Výměna ředitelů se odehrála po ministerské kontrole také ve Zdravotním ústavu v Ostravě.

Krátce po nástupu nového vedení ministerstva skončil na vlastní žádost ředitel Státního ústavu pro kontrolu léčiv Zdeněk Blahuta, nahradila ho Irena Storová. V únoru rezignovala po zveřejnění výsledků ministerské kontroly také šéfka Státního zdravotního ústavu Jitka Sosnovcová. V září po ní nastoupil Pavel Březovský.

Státní zdravotnictví opouští po sedmi letech také ředitel pražského Institutu klinické a experimentální medicíny (IKEM) Aleš Herman. Odchází šéfovat zdravotnické skupině Agel podnikatele Tomáše Chrenka, která provozuje v České republice a na Slovensku celkem 22 nemocnic, síť poliklinik, síť lékáren, laboratoří, distribuční společnosti a další specializovaná zdravotnická zařízení.