Obsazení místa politického náměstka se letos na podzim měnilo už dvakrát. Po zářijové rezignaci ministra Adama Vojtěcha odešel také jeho náměstek Filip Vrubel. Pouze dvacet dní pobyl ve funkci jeho nástupce Lubomír Chudoba, kterého jen několik dní před svým odchodem jmenoval ministr Roman Prymula.

Na druhém postu politického náměstka zůstává bývalá šéfka české kanceláře Světové zdravotnické organizace (WHO) Alena Šteflová. Další čtyři náměstci ministra zdravotnictví jsou takzvaní odborní. Náměstek pro zdravotní péči Aleksi Šedo, bývalý děkan 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy, nastoupil 1. září.

Náměstkem ministra je také hlavní hygienička Jarmila Rážová, která do funkce nastoupila také během epidemie covidu-19 letos v červnu. Post zastávala jako pověřená už od března, kdy ministr odvolal Evu Gottvaldovou. Od října 2018 vede sekci pro ekonomiku a zdravotní pojištění náměstkyně Helena Rögnerová. Nejdéle působícím náměstkem je Radek Policar, který má od roku 2016 na starosti legislativu a právo.