Demokratický prezident Beneš totiž byl nucen stvrdit převzetí moci komunistickou stranou v čele s Klementem Gottwaldem a svým setrváním ve funkci dodával komunistickému puči zdání legitimity.

Beneš krátce poté, co svým podpisem stvrdil Gottwaldovu vládu, opustil Pražský hrad. Uchýlil se spolu s manželkou Hanou na své venkovské sídlo do Sezimova Ústí u Tábora. Svou nepřítomností na Hradě chtěl demonstrovat nesouhlas s nedemokratickým vývojem ve státě, s abdikací však váhal. Ještě se pokusil čelit nástupu nedemokratického režimu, když odmítl podepsat komunisty připravenou Ústavu 9. května, jež měla potvrdit výsledky únorového převratu. Teprve po volbách, které potvrdily nástup komunistů, abdikoval. Zhruba tři měsíce poté, 3. září 1948, zemřel.

Beneš sehrál významnou roli již během komunistického puče v únoru 1948. Historici dodnes diskutují o důvodech, které jej vedly k přijetí demise nekomunistických ministrů a jmenování nové vlády nadiktované šéfem komunistů Klementem Gottwaldem. Právě přijetí demise totiž v konečném důsledku vedlo k nastolení tzv. diktatury proletariátu, která záhy přerostla v teror proti všem i zdánlivým odpůrcům. Podle dobových svědectví čelil Beneš nevybíravému tlaku ze strany premiéra Gottwalda, který vyhrožoval zatýkáním a vojenským zásahem Sovětského svazu. Navíc Beneš byl v té době již vážně nemocen, měl za sebou několik záchvatů mozkové mrtvice a trpěl depresemi.