Radu do poloviny loňského prosince vedl premiér Andrej Babiš (ANO), který je podle auditu Evropské komise ve střetu zájmů kvůli dotacím pro holding Agrofert. Jednání rady se prý už rok neúčastní „z důvodu předběžné opatrnosti“, jak dříve uvedla ministryně pro místní rozvoj Klára Dostálová (ANO).

Vládní novela má umožnit pouze to, aby radu mohl vést místo premiéra jiný člen vlády. Podle opozice to ale nevyřeší problém, že Babiš bude moci nadále ovlivňovat udělení dotací, a to včetně podpory Agrofertu, který kvůli českému zákonu o střetu zájmů převedl do svěřenských fondů. Babiš z vedení rady odstoupil po kritice zejména Evropského parlamentu ohledně svého možného střetu zájmů. Rada je pouze poradním orgánem vlády a o dotacích rozhodují ministři, jimž Babiš předsedá.

Vládní rada pro unijní fondy je nyní zatím bez předsedy, neboť podle nynějšího znění zákona ji může vést pouze premiér. Úkolem rady je posuzovat otázky spojené s evropskou politikou soudržnosti v ČR předtím, než jsou předloženy k projednání vládě. Jednání rady se mimo jiné zaměřuje na soulad evropských dotačních programů s dohodou, kterou ČR má s EU. Rada také navrhuje vládě opatření týkající se čerpání fondů EU.

Evropský parlament v půlce prosince přijal rezoluci, v níž vyzval Evropskou komisi k přijetí kroků ve věci možného Babišova střetu zájmů. Babiš tvrdí, že není ve střetu zájmů, protože Agrofert, který dříve vlastnil, předloni kvůli českému zákonu o střetu zájmů vložil do svěřenského fondu a nemá na něj žádný vliv. Případný střet zájmů prověřují auditoři Evropské komise.

Agrofert je jedničkou zemědělsko-potravinářského sektoru v ČR. Holding podle výročních zpráv získal předloni na zemědělských a dalších dotacích 1,95 miliardy korun, o rok dříve zhruba 1,5 miliardy Kč. Přislíbeny měl v daných letech dotace přibližně o sto milionů vyšší.