Soud poukázal na to, že postup ke jmenování profesorem upravuje zákon o vysokých školách, podle nějž kvalifikaci uchazeče postupně posuzuje odborná hodnotící komise, vědecká rada příslušné fakulty a vědecká rada vysoké školy.

„Pokud řízení o jmenování profesorem proběhne řádně a v souladu se zákonem, nemůže již žádný orgán moci výkonné – tedy ministr školství, vláda ani prezident republiky – sám znovu posuzovat, zda kandidát podmínky pro jmenování profesorem splňuje. Tím by bylo nepřípustně zasaženo do autonomie vysokých škol a ústavně garantované svobody vědeckého bádání a umělecké tvorby,“ konstatoval senát soudkyně Viery Horčicové.

Zeman nepodepsal Fajtův a Ošťádalův jmenovací dekret na jaře 2015 ještě společně s dekretem politologa Jana Eichlera. Zdůvodnil to vážnými prohřešky akademiků z minulosti. V případě Fajta argumentoval jeho údajnou žádostí, aby mu banka prostřednictvím sponzorského daru poskytla doplatek k platu ředitele Národní galerie. U Ošťádala poukázal na údajné kontakty s komunistickou Státní bezpečností. Své rozhodnutí Zeman oznámil v lednu 2016 dopisem tehdejší ministryni školství Kateřině Valachové (ČSSD).

Podle soudu může prezident rozhodnout, že navrženého kandidáta nejmenuje profesorem, pokud dospěje k závěru, že uchazeč neprošel řádným procesem ke jmenování nebo že tento proces vykazoval vady, kvůli nimž mohl být nezákonný. „Takové rozhodnutí však musí obsahovat odůvodnění, což v posuzované věci splněno nebylo. Pro tuto vadu řízení bylo rozhodnutí prezidenta zrušeno a věc mu byla vrácena k dalšímu řízení,“ vysvětlila Puci.

Proti rozsudku lze podat kasační stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu, ta ale sama o sobě nemá odkladný účinek.