Zákon o majetkovém vyrovnání státu s církvemi začal platit 1. ledna 2013, církve a náboženské společnosti mohly žádosti o navrácení majetku podávat pouhý rok. Vládní výbor k dopadům zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi se sešel za tři roky na sedmi zasedáních. Předkládací zpráva konstatuje, že poslední schůzky výboru se omezovaly na projednávání zpráv vypracovávaných státními úřady, které majetek vydávaly. V poslední době však ve zprávách byly už jen marginální změny ve statistických datech o vydávání majetku. Monitorování dalšího postupu mohou podle návrhu na zrušení výboru zajišťovat jednotlivá ministerstva, aniž by to musela pravidelně hlásit. Vydávání majetku církvím standardním způsobem většinou skončilo, další vydávání závisí na rozhodování soudů.

Zákon o majetkovém vyrovnání s církvemi z roku 2012 počítá s tím, že církve dostanou od státu nemovitý majetek v hodnotě zhruba 75 miliard korun. Za nemovitosti, které se podle zákona nevydávají, mají církve během 30 let získat 59 miliard korun navyšovaných o inflaci (z toho přes 47 miliard má dostat římskokatolická církev).

Vedle napravení majetkových křivd z doby komunistického režimu má zákon nastolit nový vztah státu a církví, úprava fakticky znamená odluku státu a církví. Dosavadní příspěvky státu církvím se postupně do roku 2030 snižují až na nulu.

Finanční náhrada není podle zákona předmětem daně. Premiér Andrej Babiš již loni v listopadu řekl, že je pro zdanění peněžité části restitucí, jak navrhují opakovaně zejména komunisté a vyžadovali tento příslib při jednání o podpoře druhé Babišovy vlády. V minulosti chtěla změny restitucí i ČSSD, zdanění požaduje i SPD. Proti zdanění náhrad se dlouhodobě stavějí především představitelé katolické církve a lidovci, podle kterých by bylo nemravné a protiústavní. Církve už avizovaly, že v případě přijetí zákona jsou připraveny bránit se u Ústavního soudu.