Kontroly, a to i fyzické kontroly dokladů u plátců pojistného, provádí VZP výrazně častěji právě u zaměstnavatelů než u jednotlivých fyzických osob samostatně výdělečně činných. Postupuje se podle plánů kontrol, přičemž by se měly všude uskutečnit nejméně jednou za pět let. Navíc každá zdravotní pojišťovna provádí svoje kontroly, takže čím více různých zdravotních pojišťoven zaměstnanci mají, tím více kontrol musí jejich zaměstnavatel očekávat. Fyzické kontroly účetních dokladů podnikajících fyzických osob (OSVČ) se dělají jen ve specifických případech; vychází se spíš z vyúčtování pojistného na základě dat získaných z informačního systému pojišťovny a údajů z podávaných přehledů OSVČ.

Kontroly u zaměstnavatelů jsou mimo plán kontrol vykonávány i na základě podezření na nepravdivost uváděných údajů, podnětem bývají také prudké výkyvy v platbách pojistného, špatná platební morálka či hrozící ukončení činnosti plátce při konkurzu, likvidaci či insolvenci. Zaměřeny jsou nejen na správnost stanovení vyměřovacího základu pro výpočet pojistného na zdravotní pojištění a na správnost výše pojistného a jeho včasné placení, ale i na splnění oznamovací povinnosti a povinnosti odevzdávat přehled o platbě pojistného zaměstnavatele.

Nejčastější kontrolní zjištění se týkají prodlení v platbách pojistného z důvodu nedostatečných finančních prostředků plátce na jeho úhradu. Už jen v ojedinělých případech – zřejmě i díky vlivu pravidelného provádění kontrol plátců pojistného – se u zaměstnavatelů přijde na chyby ve výpočtu pojistného nebo na nesplnění oznamovací povinnosti plátců pojistného a povinnosti zasílání záznamů o pracovních úrazech.

Výsledky kontrol pak vedou k následnému vymáhání dlužného pojistného a penále, případně pokut za porušení oznamovací povinnosti, za nepředložení dokladů ke kontrole, za nepředložení měsíčních přehledů zaměstnavatelů nebo za porušení povinnosti zaměstnavatele zasílat pojišťovně záznamy o pracovním úrazu. Zejména za nesplnění oznamovací povinnosti zaměstnavatele při zahájení či ukončení zaměstnaneckého poměru hrozí pokuta značná – až 200 000 korun. Pokuty lze uložit do dvou let ode dne, kdy se zdravotní pojišťovna dozvěděla o nesplnění nebo porušení povinnosti, nejpozději však do 5 let ode dne, kdy k nesplnění nebo porušení povinnosti došlo. Promlčecí doba pak trvá 10 let. Připomínáme v této souvislosti, že pokud by měl zaměstnanec podezření, že za něho zaměstnavatel řádně neodvádí pojistné, měl by co nejdříve informovat svoji zdravotní pojišťovnu.