Předehrou války v době, kdy Kavkaz byl součástí Sovětského svazu, se staly protiarménské pogromy v ázerbájdžánském Sumgaitu a Lenokoranu v únoru 1988, po nichž uprchlo z Ázerbájdžánu 220 000 Arménů. Ázerbájdžán též blokoval pomoc určenou obětem zemětřesení v Arménii z prosince 1988. V lednu 1990 vypuklo v ázerbájdžánském hlavním městě Baku povstání radikálních muslimů, vedené Obranným výborem Národní fronty, jenž uvažoval o vytvoření islámského Ázerbájdžánu v rámci Íránu. Ze strachu před povstalci 13 000 příslušníků arménské menšiny v Baku uprchlo přes Kaspické moře do Turkménie a dále do Arménie i Ruska. Povstání potlačila sovětská armáda.

Arméni jsou prvním křesťanským národem, zatímco Azerové, jak se nazývá vládnoucí národ v Ázerbájdžánu, muslimy. Azerové jsou blízcí Turkům, užívají podobný jazyk. Josef Stalin, jenž byl z Kavkazu, při vytyčení hranic sovětských republik postupoval vstřícněji k Ázerbájdžánu. Ponechal mu Karabach, přestože ten byl součástí již antického Arménského království, a jen mu přiznal postavení autonomní oblasti v rámci Ázerbájdžánu.

Zatímco v obdobném případu Nachičevanu, který je při tureckých hranicích obýván Azery a oddělen od vlastního Ázerbájdžánu územím Arménie, nepostupoval stejně a nepředal ho Arménii, ale připojil jej jako autonomní republiku k Ázerbájdžánu ve formě exklávy.

V Náhorním Karabachu vznikl tradiční etnický spor mezi místní většinou a většinou celostátní. Zatímco ázerbájdžánská vláda zrušila autonomii Karabachu, místní Arméni vyhlásili roku 1991 nezávislost a chtěli se připojit k Arménii. Po rozpadu Sovětského svazu byla ázerbájdžánská armáda z Karabachu vytlačena. Arménie poskytovala karabašským krajanům materiální pomoc, vlastní vojska však do bojů nezapojila a nepřistoupila k oficiálnímu připojení Karabachu.

Hraje zde roli hrozba Turecka ochotnému pomoci islámským bratřím. Ale propojenost obou celků dokazuje, že karabašský prezident v letech 1994-97 Robert Kočarjan se následně stal premiérem i prezidentem Arménie v letech 1998-2008.