Podle názoru ministra spravedlnosti Roberta Pelikána nebyl důvod, aby vrchní soud věc vrátil k opětovnému projednání. Výhrady vrchního soudu vyjádřené v napadeném rozhodnutí se totiž odchylují jak od dosavadní soudní praxe obecně, tak od dřívějších rozhodnutí příslušného senátu.

V dané věci nebyl podle názoru ministra spravedlnosti důvod zpochybňovat zákonnost příkazů k povolení odposlechu a záznamu telekomunikačního provozu a povolení ke sledování. Soud tato rozhodnutí vydává v rané fázi trestního řízení, kdy orgány činné v trestním řízení z povahy věci nemohou disponovat všemi důkazy. K jejich vydání proto musí postačovat dostatečně konkrétní indicie, jež v daném případě byly státním zástupcem uplatňovány a soudem řádně hodnoceny.

Ministr spravedlnosti má rovněž za to, že aplikace „teorie ovoce z otráveného stromu“ v napadeném rozhodnutí není podepřena judikaturou Ústavního a Nejvyššího soudu.

Podnět pro podání stížnosti pro porušení zákona ve svůj prospěch podal také obžalovaný MUDr. David Rath. Tento podnět Ministerstvo spravedlnosti  vyhodnotilo  jako nedůvodný.