Předmětem ochrany přírodní památky je geomorfologická lokalita s významnými společenstvy a výskytem zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů, a krajinářsky cenný skalní komplex na pravém břehu kaňonovitého údolí Vltavy s výchozy proterozoických břidlic a žil vulkanických proterozoických hornin.

Vstupem do Evropské unie se Česká republika zavázala respektovat unijní legislativu a povinnosti z ní plynoucí. Jednou z těchto povinností je i vytvoření soustavy Natura 2000. Jedná se o soustavu chráněných území, která vytvářejí na svém území podle jednotných principů všechny členské státy Evropské unie. Cílem této soustavy je zabezpečit ochranu těch druhů živočichů, rostlin a typů přírodních stanovišť, jež jsou z evropského hlediska nejcennější, nejvíce ohrožené, vzácné či omezené svým výskytem jen na určitou oblast.

“K rozšíření Přírodní památky Zámky nás vedlo hlavně její zařazení mezi evropsky významné lokality z důvodu výskytu zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů. Jsou mezi nimi zastoupena společenstva panonských skalních trávníků, kontinentálních opadavých křovin nebo například pionýrských vegetací silikátových skal. Ze zvláště chráněných rostlin a živočichů zde nalezneme otakárka ovocného, lišaje pryšcového nebo ještěrku obecnou. Z rostlinných druhů jsou zde zastoupeny prvosenka jarní nebo pěchava vápnomilná. Všechny druhy vyskytující se v na Zámcích potřebují rozšíření jejich ochrany a jsem rád, že jde Praha správným směrem a tuto ochranu jim poskytne,” komentuje situaci Tomáš Murňák (Piráti), místopředseda výboru pro infrastrukturu, veřejnou vybavenost a životní prostředí Zastupitelstva hlavního města Prahy.

Přírodní památka Zámky byla vyhlášena v roce 1982. Toto území bude zahrnuto do nově navržené přírodní památky, kdy dojde k upřesnění předmětu ochrany přírody. Návrh na vyhlášení přírodní památky Zámky byl připraven z důvodu zajištění ochrany části evropsky významné lokality Kaňon Vltavy u Sedlce. Plocha přírodní památky je rozšířena severním směrem až k samé hranici správního obvodu hlavního města Prahy. Všechny pozemky dotčené rozšířením plochy přírodní památky tvořily dosud součást ochranného pásma tohoto zvláště chráněného území. Předmět ochrany přírodní památky byl upřesněn tak, že nově konkretizuje hlavní typy přírodně cenných stanovišť v území se vyskytujících i významné geomorfologické fenomény.