Tři argumenty proti:
Rozhodnutí vychází z neznalosti fungování EU a Lisabonské smlouvy

Tvrdit, že Evropský parlament hraje ve fungování Evropské unie méně významnou roli, než jakou hrají národní parlamenty ve fungování členských státu, ukazuje na základní neznalost Lisabonské smlouvy. Více jak 80 procent evropské legislativy ovlivňuje legislativu národní a ta je z velké části ovlivněna politikou a sílou jednotlivých frakcí. To může i do budoucna přinést větší roztříštěnost Evropské unie a de facto snížení její akceschopnosti.

Rozhodnutí je nesystémové

Pokud Nejvyšší správní soud rozhodl dle principu významnosti, musí brzo dojít k názoru, že pětiprocentní hranici je nutné změnit i u voleb do krajů a městských zastupitelstev nebo zrušit volební obvod Karlovarský kraj při volbách do Poslanecké sněmovny, když kandidátovi nezaručuje zisk mandátu ani překročení 12ti procentní hranice, zatímco v Praze stačí k zisku mandátu 3 procenta.

Rozhodnutí pustí k moci neonacisty a neofašisty

Je více než jasné, že současné rozhodnutí Nejvyššího správního soudu bude mít za následek, že příště volby umožní vstup do Evropského parlamentu neofašistům a neonacistům, jako tomu je v případě zrušení pětiprocentní klausule v Německu. Tam to mělo za následek, že do Evropského parlamentu se dostalo vedle neonacistů i řada bizarních stran, hnutí a exotů jako Zdarma Voliči nebo Die Partai.

Europoslanec Tomáš Zdechovský proto věří, že Ústavní soud pětiprocentní klausuli pro vstup do Evropského parlamentu nezruší.