Sankce jsou dávány za nepředávání údajů MŽP provozovatelem těch zařízení, která významně snížila nebo částečně ukončila provoz. Pokuty jsou dávány také za nezjišťování nebo nevykazování emisí.

Současná maximální výše pokuty není podle MŽP dostatečnou motivací pro firmy, které musí koupit více než 25.000 emisních povolenek za rok. S rostoucím množství emisí motivace klesá. „Desetinásobné zvýšení pokuty bude plnit motivační funkci. Cílem je, aby provozovatele za neplnění povinností bylo možno pokutovat až do výše očekávané ceny emisních povolenek,“ stojí ve zprávě MŽP.

Ministerstvo také navrhuje zvážit, zda poskytnout firmám s menšími emisemi možnost zažádat o výjimku ze systému povolenek. MŽP u těchto zařízení zvážilo jejich nízký podíl na emisích CO₂ a neúměrně vysokou administrativní zátěž, kterou v systému představují.

Výjimky by se mohly týkat zařízení, jehož emise ročně nepřesáhují 2500 tun ekvivalentu oxidu uhličitého (CO₂). Představují 0,07 procenta všech emisí v rámci systému. U těchto firem by nebylo třeba zavést žádné náhradní opatření.

Návrh uvažuje také o firmách s emisemi do 25.000 tun ekvivalentu CO₂ za rok, které představují 2,38 procenta emisí v rámci systému. Pro ty by MŽP zavedlo například takzvanou uhlíkovou daň, která je součástí spotřební daně z paliv, jejichž spalováním vznikají emise skleníkových plynů.

European Union Emission Trading Scheme je největší systém emisního obchodování. Zahrnuje přes 11.000 zařízení z energetiky, výroby oceli a železa, cementu a vápna, letecké přepravy a dalších. Stanovuje limity celkového množství skleníkových plynů, které mohou vypouštět sektory v jeho působnosti, a zároveň umožňuje podnikům získat nebo zakoupit emisní povolenky, s nimiž lze podle potřeby obchodovat.