Agentura je spravovaná Ministerstvem pro místní rozvoj, podnět pro šetření podalo ministerstvo 3. 3. 2015 na základě upozornění zaměstnance CzechTourism.
„Jsem ráda, že se toto konkrétní obvinění v námi zřízené organizaci neprokázalo,“ řekla ministryně Šlechtová a dodala: „Dost na tom, že čtyři rozsáhlé kontroly z března tohoto roku, iniciované ředitelkou CzechTourism Monikou Palatkovou, upozornily na řadu nehospodárností, smluvních, evidenčních a personálních problémů, s nimiž se CzechTourism dodnes vypořádává.“
Na základě těchto kontrol rozhodla ředitelka agentury Monika Palatková o celé řadě významných zásahů do chodu agentury. Např. o ukončení řady nevýhodných smluv, o zastavení neekonomických projektů, o změně pravidel evidence IT majetku, evidence nákladů na internetové portály atd. Tyto kontroly konstatovaly nehospodárnost i u projektu, který Policie ČR na základě uvedeného podnětu řešila (tj. zavedení Národního informačního portálu); zde však hrozilo překvalifikování až na trestný čin.
„Mou snahou je výrazně snížit nehospodárnost na ministerstvu i na všech jeho zřizovaných organizacích pomocí změny zavedených procesů; především důslednější kontrolou a otevřeným prostředím. Právě tento týden hodlám proto podepsat zakládací listiny tzv. Strategické rady, která bude schvalovat všechna významná strategická a ekonomická rozhodnutí této agentury,“ říká ministryně Šlechtová.
První schůzka tohoto nového kontrolního orgánu CzechTourism by se mohla podle Šlechtové uskutečnit do týdne. Tento nový kontrolní orgán byl s obavami vnímán některými bývalými zaměstnanci agentury, kteří se kvůli němu několikráte pokusili zastavit změnové aktivity ministryně Šlechtové, dokonce až emotivním otevřeným dopisem na premiéra.