Jedním z problematických kroků, kterými se komise zabývala, byl převod podnikových bytů do akciové společnosti OKD v devadesátých letech: „Dospěli jsme k názoru, že 44 tisíc podnikových bytů bylo vloženo do akciové společnosti OKD v rozporu s tehdy platnými zákony. Skutečným vlastníkem tedy je podle našich zjištění i nadále stát. Stát by se měl domáhat svých práv stejně aktivně jako to činí třeba církve, které podávají určovací žaloby kvůli majetku, který byl nezákonně převeden před bezmála 30 lety,“ sdělil Lukáš Černohorský. Komise proto vyzvala Úřad pro zastupování státu ve věcech majetkových již na konci loňského roku, aby podal k soudu určovací žalobu. Úřad tak ovšem dodnes neučinil a komise tuto pravomoc nemá. Problematice byla v privatizačním projektu věnována samostatná kapitola, ačkoliv tehdejší ministr hospodářství Dlouhý uvedl, že bytům nebyla věnovaná velká pozornost.
Podle členů vyšetřovací komise, kteří se na závěrech shodli jednomyslně, nese hlavní zodpovědnost za ztrátu majority státu v OKD tehdejší ministr hospodářství ČSFR Vladimír Dlouhý (ODA). Ten spolu s Jiřím Skalickým, ministrem pro správu národního majetku, rozhodl o vyčlenění 3,5 miliard Kč do likvidačního fondu, a to na úkor podílu státu, který v roce 1996 přišel o většinu v OKD. „Považujeme za důležité poukázat na skutečnost, že stát v souvislosti s možným poškozováním společnosti OKD zcela rezignoval na uplatňování svých práv akcionáře, v této době již menšinového. Vyšetřovací komise nezaznamenala, že by státní orgány zformulovaly a z pozice akcionáře podaly byť jedinou žalobu na náhradu škody ze strany představenstva. A to ani v pozdějších letech, i když to výše státního podílu stále a po celou dobu umožňovala, až do privatizace menšinového podílu,” komentoval nečinnost státu Černohorský.
Podle komise kroky státu a jeho právních poradců umožnily soukromým společnostem, aby se na úkor státu obohatily o miliardové částky. Šlo o akcionáře Karbon Investu a subjekty, které přímo nebo nepřímo ovládal Zdeněk Bakala. „S majiteli společnosti Karbon Invest Viktorem Koláčkem a Petrem Otavou jednal tehdejší ministr financí Bohuslav Sobotka. Z jednání bylo zřejmé, že stát neusiluje o co nejvyšší cenu, ale spíš naopak. Pokud už si Koláčka s Otavou vláda vybrala jako garanta plnění jejích cílů, měla povinnost prodat akcie za tržní cenu. Právě tím, že Sobotka neusiloval o dosažení tržní ceny, ale naopak působil ve prospěch nabyvatele, se podle komise mohl dopustit pokusu či přípravy trestného činu zneužívání pravomoci veřejného činitele, případně maření úkolu veřejného činitele z nedbalosti. V době jednání se zástupci státu zamlčeli Koláček s Otavou skutečnost, že Karbon Invest je fakticky ovládán Bakalovou společností, a vláda tedy privatizuje podnik Zdeňku Bakalovi. Jednání Koláčka s Otavou způsobilo státu újmu velkého rozsahu v řádech miliard korun. Bakala se podle názoru komise mohl dopustit trestného činu podvodu jako spolupachatel,“ vysvětluje Černohorský.
Skutečnost, že podíl v OKD byl privatizován podnikatelům kolem Zdeňka Bakaly, vzbudila nevoli u dalších zájemců o tento podíl, zejména u společností J&T a Penta. Společnost Penta v lednu 2005 podala proti privatizaci stížnost u Evropské komise z důvodu nedovolené veřejné podpory. Evropská komise se na základě této stížnosti dotázala České republiky na průběh privatizace. Autorem odpovědi, jak zjistila komise, nebylo Ministerstvo financí ČR a jeho úředníci, ale advokáti advokátní kanceláře PWP, kteří zastupovali Karbon Invest. Vedoucími pracovníky advokátní kanceláře PWP byli Radek Pokorný a Richard Wagner. „Podle zjištění komise byly v dokumentu uvedeny nesprávné, nepravdivé a zavádějící informace, které měly odvrátit hrozbu navrácení protiprávně poskytnuté státní podpory, přičemž jmenovaní věděli, že odpověď bude zaslána Evropské komisi. Tímto jednáním se Bakalovi advokáti mohli dopustit podvodu,” řekl Černohorský.
Komise, která byla zřízena na popud Pirátů v prosinci 2017, vyslechla celkem 49 svědků, prošla desítky tisíc stran dokumentů, soudních, policejních i ministerských spisů. V 45 jednacích dnech proběhlo 20 schůzí. Jednání často probíhala nad rámec běžného parlamentního provozu, například během prázdnin.
