Hlavními projednávanými body Rady byly návrh směrnice o prevenci obchodování s lidmi a boji proti němu, návrh směrnice proti pohlavnímu zneužívání a vykořisťování dětí a proti dětské pornografii, návrh směrnice o právu na tlumočení a překlad v trestním řízení, problematika posílené spolupráce v oblasti rozhodného práva ve věcech rozvodu a rozluky a především potom Evropský ochranný příkaz a přístup Evropské unie k Evropské úmluvě o ochraně lidských práv a základních svobod.

Vyjma Evropského ochranného příkazu, kolizních norem pro rozvod manželství, k nimž má Česká republika parlamentní výhradu, a směrnice o právu na tlumočení vnímá Česká republika projednávané směrnice velmi pozitivně a vyjádřila jim podporu. „Vystoupila jsem celkem proti třem projednávaným tématům. Směrnice o právu na tlumočeni je pro ČR nepřijatelná s ohledem na ekonomické výdaje. Jsem příznivcem ochrany práv občanů, ale navrhovaná evropská úprava nemůže být v kolizi s českou právní úpravou, proti čemuž vystupuje i Parlament PČR. Zároveň nemohu pominout ani obrovské finanční dopady, které by si realizace některých instrumentů EU vyžádala,“ uvedla ministryně spravedlnosti České republiky.
 
Evropský ochranný příkaz

V diskusi o Evropském ochranném příkazu se státy se rozdělily na ty, které tento návrh podpořily, a na odpůrce, mezi nimiž byla vedle České republiky také Velká Británie, Německo či Rakousko a dokonce i Evropská komise.

„Co se týče Evropského ochranného příkazu, nemůže z hlediska právní jistoty Česká republika vyslovit souhlas s návrhem předkládaným španělským předsednictvím, není pro nás v této podobě přijatelný. Mým hlavním posláním je hájit zájmy České republiky, proto jsem vyjádřila návrhu důrazné ne,“ uvedla k rozhodnutí nepodpořit návrh Daniela Kovářová.

Ministryně spravedlnosti ČR následně navrhla úpravu pouze pro oblast trestního práva, totéž formálně navrhla i Komise. Přesto Španělsko nepřipustilo debatu o kompromisu a historicky poprvé po podpisu Lisabonské smlouvy nedošlo ke konsensuálnímu přijetí návrhu Směrnice, ale k naprosto těsnému přehlasování.

„EU nepřihlédla nejen k výhradám jednotlivých států, ale ani k zásadním výhradám právním, ačkoli by, jakožto ministři spravedlnosti, měli na dodržování práva dbát více než kdokoli jiný,“ uvedla v té souvislosti Daniela Kovářová.

Svůj prostor na jednání Rady pro spravedlnost a vnitřní věci dostala i problematika e-Justice a připravovaného evropského portálu.