Největší problém kolem provozu spaloven spočívá v tom, že produkují nebezpečné dioxiny a stávající systém monitoringu je na prokázání nebezpečných hodnot krátký. V současnosti totiž měření emisí spaloven probíhá jen dvakrát ročně v předem ohlášených termínech a navíc po velmi krátkou dobu. Jejich provozovatelé tak mají dostatek možností uzpůsobit provoz zařízení tak, aby naměřené hodnoty byly v době kontrolního měření pořádku. Výsledný obrázek je proto zkreslený.
Řešení přináší metoda semikontinuálního měření emisí dioxinů. Tuto metodu používají mnohé evropské státy a zavádějí ji i do své legislativy, protože prokazatelně vede ke snížení emisí nebezpečných látek. Česko by se mělo jejich zkušeností inspirovat a prosadit novelu zákona, která navrhuje zavést tuto monitorovací metodu v praxi od poloviny roku 2016, aby se provozovatelé spaloven měli čas novince přizpůsobit.
