Narodil se v roce 1839 v rodině chudého učitele v obci Býšť u Hradce Králové a odmalička nebylo pochyb o tom, že se narodil mimořádně talentovaný hudebník. Už jako jedenáctiletý se přestěhoval do Pardubic ke strýci, kde začal studovat hru na klavír a varhany. Brzy přesídlil do Prahy, kde začal udivovat učitele a muzikanty prvními kompozicemi. Jeho sláva se rychle šířila, a tak už jako dvacetiletý dostal nabídku, aby se stal kapelníkem soukromého orchestru knížete Nikolaje Jusupova v Petrohradě. Vydal se na dlouhou cestu do neznáma a další dva roky mu stačily k tomu, aby se stal nejdříve varhaníkem, a potom kapelníkem proslulého petrohradského Mariinského divadla. V necelých 30 letech začal psát historii vrcholné epochy v hudebních dějinách carské opery. Získal si pověst vynikajícího dirigenta s jemným vkusem, který je vždy otevřený novým myšlenkám, trendům a postupům. Vybíral si k prvnímu nastudování opery, které se do pár let staly hity nejslavnějších světových operních dómů.

Jedním z jeho nejbližších přátel a spolupracovníků se stal Petr Iljič Čajkovskij, který si nesmírně vážil citu i energie, s jakou Nádvorník dokázal vdechnout jeho operám život. Z vděčnosti a přátelství mu dedikoval svou operu Panna Orleánská. „Geniální Čech“, jak mu přezdívaly ruské noviny, žil v Petrohradě bouřlivým společenským životem, oženil se a založil rodinu, dirigoval dobročinné koncerty Červeného kříže a Vlastenecké společnosti a v roce 1898 mu byl udělen dědičný šlechtický titul. Jeho opera Dubrovskij na Puškinovo libreto se stala součástí ruské hudební klasiky. Jeho jméno nese jeden ze salónků Mariinského divadla, jeho jméno a portrét vyšly na ruských poštovních známkách. Škoda, že v Čechách, Nápravníkově rodné vlasti, si na něj dnes už vzpomene málokdo.