Nejvýznamnější chybou bylo, že MV nevykázalo dlouhodobé podmíněné závazky z uzavřených smluv za celkem 4,8 miliardy korun. Tyto nesprávnosti totiž ovlivňují informace o nárocích na budoucí rozpočty. Podle kontrolorů nevedlo MV správné a úplné účetnictví. Pokud ministerstvo chyby neopraví, nesprávnosti ovlivní účetní výkazy za Českou republiku za rok 2015.

Kontroloři zjistili na MV systémové nedostatky ve vedení účetnictví. Týkaly se například nesprávného vykazování drobného dlouhodobého a jiného drobného dlouhodobého majetku. Další systémové chyby se Ministerstvo vnitra v rámci svého účetnictví dopouštělo u vykazování nároku na vrácení spotřební daně z lehkých topných olejů. Ministerstvo totiž o nároku na vrácení spotřební daně účtovalo ještě předtím, než tento nárok podle zákona vznikl. MV také v souvislosti s vracením spotřební daně v účetní závěrce nesprávně vykázalo závazek, který byl jen výsledkem účtování mezi organizačními součástmi resortu, a nešlo tedy o skutečný závazek.

Ministerstvo také nesprávně účtovalo například o znovuzařazení dlouhodobého majetku, o dotaci na pořízení dlouhodobého majetku, kterou poskytlo příspěvkové organizaci, nebo o závazcích z nemocenských dávek. Některé pohledávky ministerstvo vykázalo na nesprávných účtech a teprve v roce 2014 účtovalo o pohledávkách, které vznikly v předchozích účetních obdobích.

Podle kontrolorů porušilo MV také rozpočtová pravidla. V roce 2014 totiž na příjmový účet státního rozpočtu nepřevedlo v zákonné lhůtě 401 tisíc korun z vrácené spotřební daně. NKÚ proto podal oznámení o porušení rozpočtové kázně příslušnému finančnímu úřadu.