Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy se ohrazuje proti závěrům kontrolní zprávy Nejvyššího kontrolního úřadu týkající se přidělování dotací nestátním neziskovým organizacím pracujícím s dětmi a mládeží v letech 2014 až 2016. Proces přidělování dotací byl vždy transparentní, do roku 2015 pouze platila obecnější kritéria než současné přesně definované bodování projektů. Všechny nálezy zmiňované ve zprávě NKÚ již navíc byly odstraněny.

MŠMT nově ustanovilo oddělení kontrol dotací sportu a mládeže od 1. 1. 2018. Programy procházejí interním vyhodnocením a následnou úpravou s cílem dosáhnout lepšího zacílení na aktuální problémy mládeže.

V kontrolovaném období MŠMT přijalo žádosti 898 projektů, podpořilo jich 510. Průměrná výše dotace očištěná o největší příjemce se pohybovala do 300.000 korun na celoroční činnost organizace. Z toho se financují kromě pravidelné činnosti i víkendové aktivity a letní nebo zimní tábory.

V tak pestré oblasti, jakou je podpora mládeže, se obtížně nastavují srovnatelná sledovaná kritéria. Proto MŠMT vyhodnocuje spíše kvalitativní kritéria získávaná z kontrolní činnosti, popř. nastavených konzultačních procesů s odborníky na oblast neformálního vzdělávání. Na hodnocení se navíc vždy podílel expertní tým složený z ostatních rezortů, aby se ošetřilo, že průřezové projekty nebudou financovány dvakrát.

Oblast mládeže je dlouhodobě podfinancovaná a státem vynaložené prostředky jsou díky velkému množství dobrovolnické práce na straně organizací pracujících s dětmi a mládeží velmi efektivně vynaloženy. Chyby na straně příjemců dotací byly také často způsobeny tím, že organizace nemají profesionální aparát na zpracování žádostí o dotaci a následnou realizaci projektů a vyúčtování. Často je vedou dobrovolníci, kteří mají jiné zaměstnání, a mládeži se věnují ve svém volném čase.