Za projekty, které jsou dotčeny auditem Evropské komise, Česká republika nepředložila k proplacení žádnou platbu, vyjma obecně známého projektu společnosti Fatra. Auditem tedy žádná jiná dotace či částka ohrožena není.

V končícím programovém období 2014–2020 jsou již téměř všechny prostředky přiděleny příjemcům. K 31 .8. 2021 bylo téměř 448 miliard korun proplaceno příjemcům (68,2 %) a doposud Česká republika zažádala Evropskou komisi o certifikaci (proplacení dotací) v celkové částce 401 miliard korun (60,5 %). Jedná se o EU podíl, tj. bez částek spolufinancování z národních zdrojů nebo soukromých příspěvků.

V novém programovém období 2021–2027 bude mít České republika z evropských fondů k dispozici téměř bilión korun. První výzvy budou vyhlášeny do konce letošního roku a především v roce příštím. Postupy pro nové programy jsou nyní metodicky nastavovány a ošetřena bude i oblast střetu zájmů. Ohroženy tak nejsou ani prostředky z nového programového období.