Jedním z hlavních parametrů a pak i hodnoticím kritériem při rozdělování dotací měla být například výše spoluúčasti žadatele při hrazení projektu. U některých projektů MŠMT požadovalo spoluúčast ve výši 30 % nákladů. Dotace státu tedy neměla překročit 70 %. MŠMT ale zároveň schvalovalo u takových projektů výjimky a některým žadatelům uhradilo z dotací i 100 % nákladů.

U jednotlivých hodnoticích kritérií pro posuzování žádostí o dotaci MŠMT nestanovilo, kolik lze za ně získat bodů. Nebylo tak jasné, jak bude žádosti podle těchto kritérií hodnotit. Bodování MŠMT stanovilo až v roce 2016.

V letech 2013 až 2015 MŠMT podpořilo celkem téměř 300 žadatelů. Jednomu jedinému z nich přitom vyplatilo 249 milionů korun, tedy více než desetinu z celkového objemu peněz v programu.

Akce, které dostanou dotaci, měla vybírat expertní komise. Ta ale projednávala už připravené návrhy akcí k podpoře, které pak případně s drobnými úpravami schválila. Komise tak nehodnotila žádosti podle stanovených kritérií. Kdo a jak zpracovával návrhy na akce, které komise projednávala, MŠMT nedoložilo.

MŠMT si také stanovilo, že v tzv. mimořádných záležitostech, které ale nijak nevymezilo, nemuselo dodržovat některé nastavené podmínky pro rozdělování dotací. MŠMT tak v letech 2013 až 2014 rozdělilo část dotací v neoficiálním schvalovacím procesu bez jasných pravidel.

MŠMT v těchto letech dodatečně doplňovalo do programu nové akce, aniž by bylo zřejmé, na základě čeho je do programu zařadilo. Vybíralo jak akce, které měly žádost podanou v řádném termínu, tak akce, které byly podány později. V rámci změnových řízení v programu MŠMT také některé akce rušilo, některým měnilo výši poskytnuté podpory nebo dávalo výjimky ze zásad.

Na vzorku 35 akcí devatenácti příjemců kontroloři zjistili, že MŠMT přidělovalo dotace i žadatelům, kteří nesplnili některé podmínky. Například nevyřadilo žádosti, které podali uchazeči po termínu nebo které byly nekompletní. Dotace přidělilo i na akce, které neodpovídaly cíli programu. Podporu tak dostali žadatelé například na nákup počítačů a kopírek, osobního auta pro zastřešující organizaci nebo na vzduchotechniku v sídle organizace, které není sportovním zařízením.

MŠMT také podle NKÚ nedostatečně kontrolovalo využití dotací u příjemců. V letech 2013 až 2015 zkontrolovalo jen dotace za 2,4 milionu korun, a to pouze u jednoho příjemce, navíc na dvě akce z let 2011 a 2012.

NKÚ našel při kontrole pochybení i na straně příjemců. Někteří z nich například chybovali při výběru dodavatelů, propláceli práce před jejich provedením nebo nesplnili minimální podíl vlastních zdrojů na financování akce. U šesti příjemců mají kontroloři podezření na porušení rozpočtové kázně, což oznámili příslušným finančním úřadům.