Úřad kontroloval program na podporu aplikovaného zdravotnického výzkumu v době, kdy probíhalo zhodnocení přínosu výstupů a jejich využitelnosti v praxi. Agentura pro zdravotnický výzkum tak v době kontroly nemohla mít zhodnocení programu k dispozici. Bohužel NKÚ k tomuto faktu nepřihlédnul.

Přínos výstupů aplikovaného výzkumu v biomedicíně je standardně posuzován na základě publikací. Tím se výzkum v biomedicíně liší například od průmyslového výzkumu. Teprve z celosvětově zhodnocených výstupů v odborných publikacích jsou vytvářeny nové léčebné postupy a metodiky pro široké klinické využití, nikoliv naopak.

Ukončené výzkumné projekty započaté v roce 2015, které NKÚ kontroloval, mají jednoznačný a prokazatelný výstup do klinické medicíny. Díky podpoře například vznikly nové možnosti léčby achondroplazie, započal vývoj nových nízkomolekulárních protinádorových léčiv, byla zahájena příprava kandidátních molekul ke zlepšení účinné léčby a zkvalitnění života pacientů se schizofrenií, bylo možné v rozsáhlé mezinárodní studii prokázat u pacientů s leukémií lepší prognózu při léčeni lymfoidními léčebnými protokoly a například díky dalšímu projektu mají lékaři možnost zablokovat odhojovací reakce u nemocných po transplantaci ledviny od žijících dárců.

Agentura pro zdravotnický výzkum má od svého založení zcela jednoznačně stanovenou odpovědnost - transparentně administrovat soutěže návrhů projektů aplikovaného výzkumu v biomedicíně a celého průběhu jejich řešení, včetně kontroly projektů. NKÚ prověřil 16 vybraných a ukončených projektů, všichni příjemci splnili podmínky podpory a nepoužili prostředky v rozporu se zákonem.