NKÚ prověřil 24 rekonstrukcí a oprav, na které jsou plánovány výdaje přes jednu miliardu korun. Z kontroly vyplynulo, že SŽDC čerpala peníze pomaleji, než předpokládala, kvůli nepřipravenosti projektů i průtahům ve stavebních a zadávacích řízeních. Stav nádraží se sice podařilo zlepšit, ke zhodnocení ukončených akcí si ale SŽDC stanovila jen obecné cíle. V několika případech zjistili kontroloři nedostatky při úhradách faktur nebo uzavírání dodatků ke smlouvám.

Prostředky na rekonstrukce a revitalizace osobních nádraží mají pomoci zlepšit prostory pro cestující, zajistit bezbariérovost budov, opravit staré a nevyhovující budovy apod. SŽDC plánovala vydat v letech 2017 až 2022 na tyto akce přes 8,8 miliardy korun. Jedná se o prostředky ze Státního fondu dopravní infrastruktury i z fondů EU. Ve skutečnosti ale čerpala SŽDC na rekonstrukce a opravy nádraží v letech 2017 až 2019 v průměru o 36 % méně peněz, než kolik se předpokládalo.

Důvodem bylo například to, že jen minimum rekonstrukcí a oprav bylo připravených. Osobní nádraží spolu s dalšími nádražními budovami a pozemky totiž převedly České dráhy na SŽDC v roce 2016. Kvůli plánovanému převodu se tak rekonstrukce a opravy nádraží dříve nepřipravovaly. SŽDC pak řešila nejprve drobné opravy a neodkladné stavební zásahy. Zdržení způsobily i průtahy v zadávacích a stavebních řízeních.

Prostředky na rekonstrukce a revitalizace nádraží sice zlepšily stav budov, SŽDC, respektive současná Správa železnic, nebude mít ale podle čeho hodnotit ukončené stavby. Parametry, které si pro hodnocení SŽDC stanovila, jsou jen obecné – například zvýšení kultury cestování, pocitové hledisko cestujících nebo vybavenost budov.

NKÚ prověřil 24 oprav a rekonstrukcí a u některých zjistil dílčí nedostatky. Ty se týkaly například nedodržení smluvních podmínek, úhrady za činnosti, které dodavatel neprovedl, nebo uhrazení faktur vystavených na jiné období, než v jakém stavební práce skutečně proběhly. SŽDC také uzavírala dodatky ke smlouvám, kterými se navyšovala cena stavby nebo prodlužoval termín dokončení, i několik desítek dnů po tom, co měla být stavba podle smlouvy dokončena.

NKÚ upozornil i na to, že stát při přemisťování státních institucí dosud nezohlednil, že jsou zde k dispozici nevyužité nově zrekonstruované prostory v budovách osobních nádraží.