Od ledna 2018 do dubna 2022 vynaložily SFDI a MD na elektronické dálniční známky celkem 329 mil. Kč. V prvních 13 měsících provozu nového systému bylo prodáno 6,1 milionu kusů e-známek za celkem 5,47 mld. Kč. Kontroloři došli k závěru, že e-známka je ve srovnání s původním systémem dálničních známek efektivní a hospodárná. Podle NKÚ zavedení elektronických známek snížilo roční náklady v průměru o 120 mil. Kč.

Průměrná roční nákladovost systému elektronických dálničních známek je 3,61 %. SFDI tak vynakládá na e-známku za 1 500 Kč cca 54 Kč, zatímco na klasickou dálniční známku vydával za rok 76 Kč. Výdaje spojené s původními dálničními známkami byly generovány především jejich tiskem, distribucí a také marží prodejců známek. Pozitivně kontroloři hodnotí fakt, že zavedení e-známky přineslo řadu výhod uživatelům, zejména tu, že prostřednictvím e-shopu ji mohou zakoupit kdykoliv v průběhu roku a platí jim 365 po sobě jdoucích kalendářních dnů. E-shop je také nejčastěji využívaným prodejním místem: v roce 2021 v něm bylo koupeno 83,5 % elektronických dálničních známek.

Optimálního stavu však zatím MD, SFDI a CENDIS nedosáhly. Z šesti plánovaných napojení informačního systému elektronických dálničních známek (IS EDAZ) na další informační systémy uskutečnil SFDI pouze tři. Chybí zejména automatizovaná výměna dat s registrem silničních vozidel (RSV). Takže například ověření, že vozidlo je osvobozeno od úhrady elektronické známky, provádějí zaměstnanci call centra IS EDAZ manuálně podle databáze RSV. Kdyby automatická kontrola díky napojení na RSV fungovala, došlo by k vyloučení chyb, a tudíž ke snížení počtu následných žádostí o vrácení peněz. Za kontrolované období byla úhrada e-známky na žádost zákazníků vrácena v 1 017 případech. IS EDAZ umožňuje i nákup e-známek za sníženou eko cenu (pro vozidla poháněná zemním plynem nebo biometanem). V době kontroly NKÚ však při nákupu této e-známky nedocházelo k ověření v RSV, zda vozidlo kritérium pro sníženou eko cenu splňuje. Tento nedostatek mohli kupující omylem nebo úmyslně využít ve svůj prospěch a snížit tak příjem SFDI z prodeje e-známky.