Nadměrný odpočet DPH, tedy nárok na vrácení peněz od státu, vzniká podnikateli v případě, když odpočet daně z nákupů převýší daň z jeho prodejů. Kontroloři NKÚ zjistili, že MF, GFŘ a FÚ téměř dva roky (22 měsíců) nerespektovaly nález Ústavního soudu (ÚS) a i po jeho vydání dlouhodobě zadržovaly některým podnikatelům celé částky uplatňovaných nadměrných odpočtů DPH, přestože prověřovaly pouze jejich část. Průměrné roční inkaso DPH před uplatněním nadměrných odpočtů DPH dosáhlo v kontrolovaných letech 817,8 mld. Kč.

Průměrné roční uplatněné nadměrné odpočty pak dosahovaly téměř 358 mld. Kč. Celkový stav zadržovaných nadměrných odpočtů DPH ke konci jednotlivých let 2019–2022 činil v průměru jednu miliardu korun.

S řešením, které by odpovídalo nálezu ÚS, vyčkávalo GFŘ na novelu zákona. Ta ale začala platit až v únoru 2021. Umožnila nezadržovat celý nadměrný odpočet DPH a vyplatit daňovému subjektu jeho neprověřovanou část, u které nevznikly pochybnosti či nejasnosti.

Kontroloři NKÚ prověřili 80 konkrétních případů. Kontrola ukázala, že v deseti případech správci daně neoprávněně zadržovali neprověřované nadměrné odpočty DPH v celkové výši 15 mil. Kč. V důsledku toho GFŘ vynaložilo 909 tisíc korun na výplatu úroků a nákladů soudního řízení. Pokud totiž správce daně dlouhodobě zadržoval nadměrný odpočet DPH, byl pak povinen uhradit daňovému subjektu kompenzaci v podobě úroku.

Tento úrok se přitom vypočítává z vyššího základu, tj. i z neprověřované části nadměrného odpočtu DPH. Podle NKÚ tak GFŘ nepostupovalo nejhospodárnějším způsobem. Tyto nedostatky snižovaly účelnost správy DPH v oblasti nadměrných odpočtů.

Jak praxe FÚ zasáhla do příjmů jednotlivých podnikatelů, ale i do výdajů státní kasy, ukazuje následující příklad: Správce daně v rámci daňové kontroly zadržel daňovému subjektu celý uplatněný nadměrný odpočet DPH ve výši 10,7 mil. Kč. Na základě provedené kontroly správce daně neshledal v hodnotách nadměrného odpočtu DPH žádné pochybení. Ačkoliv daňová kontrola pokračovala dále šetřením skutečností nemajících vliv na výši nadměrného odpočtu DPH, správce daně zadržoval daňový odpočet do doby, než byly ukončeny všechny kontroly a řízení.

V důsledku toho správce daně následně vynaložil ze státního rozpočtu více než 730,5 tis. Kč na výplatu úroku z daňového odpočtu za 157 dní, po které nezákonně zadržoval nadměrný odpočet DPH.