Zabývali se také tím, jakým způsobem využívala peníze ze základního fondu, provozního fondu a fondu prevence, u kterých je právními předpisy stanoveno, co a jak z nich může být financováno. Ke kontrole NKÚ vybral vzorek peněz a majetku v hodnotě více než 22 miliard korun. V neposlední řadě se NKÚ zabýval i tím, jak Ministerstvo zdravotnictví (MZd) plnilo své povinnosti vůči VZP.

Z kontroly vyplynulo, že u fondu prevence postupovala VZP v několika případech netransparentně a diskriminačně. Také hradila projekty, které z fondu prevence hradit neměla. Dlouhodobě také nedostatečně spravovala pohledávky.

Nejvýraznější nedostatky kontroloři zjistili u fondu prevence. VZP za léta 2018 a 2019 zaplatila za přímořské ozdravné pobyty dětí „Mořský koník“ téměř 59 milionů korun dodavateli, kterého měla z výběrového řízení vyloučit. Dodavatel například porušil podmínky zadávací dokumentace. Také uvedl v nabídce nepravdivé údaje, což VZP zjistila při inspekci ještě před uzavřením smlouvy. Přesto s ním smlouvu uzavřela. VZP tak jednala netransparentně a diskriminovala ostatní uchazeče.

VZP dále z fondu prevence financovala minimálně dva pilotní projekty za více než 1,3 milionu korun, které podle zákona z tohoto fondu hradit neměla. Výsledkem těchto projektů byla vědecká publikace, kalkulace úhrady a aplikace IBD asistent. V rámci projektu IBD asistent navíc VZP uhradila 182 tisíc korun i za 53 osob, které byly klienty jiných pojišťoven. Z fondu prevence přitom pojišťovny mohou nad rámec zdravotní péče hradit výhradně zdravotní služby, které mají prokazatelný preventivní, diagnostický nebo léčebný efekt. V tomto případě VZP skrytě financovala výzkum a vývoj.

Kontroloři se zaměřili i na tzv. základní fond zdravotního pojištění. Jde o finančně nejvýznamnější fond – jen v roce 2020 v něm VZP hospodařila s více než 227 miliardami korun. Slouží hlavně k úhradě zdravotních služeb poskytnutých pojištěncům. Kontrolou vybraných úhrad zjistil NKÚ jen několik dílčích nedostatků. Například v průběhu let 2010 až 2019 VZP neoprávněně zaplatila zdravotnickým zařízením 672 tisíc korun za výkony spojené s úmrtím u 362 žijících pojištěnců.

Kontroloři ale popsali i systémový problém, který spočívá v tom, že VZP nedostatečně spravuje pohledávky. Například od osmi dlužníků nevymáhala dlužné pojistné a penále ve výši přesahující 13 milionů korun. Také vedla zaniklé a nevymahatelné pohledávky staré až 25 let. V roce 2019 šlo o pohledávky za téměř 20 milionů korun vůči 275 plátcům pojistného. Jde o dlouhodobou věc, na kterou NKÚ upozornil už při kontrole v roce 2010.

Některým z uvedených problémů by bylo možné předejít, pokud by VZP měla dostatečně funkční vnitřní kontrolní systém, s jehož pomocí by nesrovnalosti a chyby včas zjistila.

NKÚ zároveň kontrolou ověřil, že MZd plnilo své povinnosti vůči VZP a v letech 2018 až 2020 provedlo u pojišťovny celkem devět kontrol.