Nejvýznamnější nedostatky v účetní závěrce vznikly tím, že MS Praha neúčtoval některé své významné závazky a náklady v okamžiku jejich vzniku. Šlo zejména o odměny a náhrady výdajů pro obhájce, znalce, tlumočníky a další účastníky soudních řízení. Účetní výkaz rozvaha a výkaz zisku a ztráty proto nevypovídaly o tom, co se v daném roce opravdu stalo.

V přehledu o peněžních tocích MS Praha vykázal stav peněžních prostředků, který neodpovídal skutečnosti podle rozvahy. V příloze účetní závěrky pak soud nevykázal částky budoucích nároků a povinností, které vyplývají z jeho rozhodovací činnosti. Jde například o soudní poplatky, peněžité tresty a o náhrady za ustanovené advokáty. Ve všech případech se jednalo o významné systémové nedostatky v oblasti účetnictví a výkaznictví.

Podle NKÚ tak účetní závěrka MS Praha za rok 2017 nepodává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví a údaje v ní obsažené nejsou spolehlivé. Účetní závěrku přitom schválilo Ministerstvo spravedlnosti.

V některých případech zjistili kontroloři skutečnosti, které naplňují znaky porušení rozpočtové kázně. Více než 26 milionů korun ze státního rozpočtu MS Praha neoprávněně použil tím, že poskytoval zálohy podle zvláštních právních předpisů na více než 12 měsíců. To ale rozpočtová pravidla neumožňují. NKÚ v této souvislosti doporučuje upravit rozpočtová pravidla tak, aby respektovala specifika soudních řízení.

Soud také hradil plnění na základě neúčinných smluv. V jednom případě zaplatil fakturu za více než 300 tisíc korun bez uzavřené smlouvy a v několika případech neprovedl odvod příjmů do státního rozpočtu v zákonném termínu.

Na základě výsledků kontroly doporučil NKÚ úpravu právních předpisů v oblasti peněžitých záruk připadlých státu a v oblasti poskytování záloh dle zvláštních právních předpisů.