V jednom ze tří režimů programu Antivirus (režim A Plus) stát navíc nesl téměř 100 % nákladů na udržení pracovních míst, což bylo proti zásadě uplatňované v ostatních zemích EU, kde tyto náklady stát sdílel se zaměstnavateli a zaměstnanci. Pokud by se dodrželo pravidlo částečné kompenzace, stát by ušetřil až 4,4 mld. Kč. Zjistil to NKÚ, když prověřoval, jak Ministerstvo práce a sociálních věcí (MPSV) a Úřad práce ČR (ÚP ČR) nakládaly v letech 2020 a 2021 s peněžními prostředky státního rozpočtu a EU určenými na podporu zaměstnanosti.

NKÚ došel k závěru, že část peněžních prostředků státního rozpočtu a EU určených na podporu zaměstnanosti byla vynaložena neúčelně. Podle kontrolorů porušily MPSV a ÚP ČR povinnosti stanovené právními předpisy EU a ČR a obě instituce nesledovaly a nevyhodnocovaly dopady programu Antivirus.

Podporu z programu Antivirus v celkové výši 51,2 mld. Kč obdrželo téměř 71 000 firem a jejich 1,2 mil. zaměstnanců. Celkem 9,8 mld. Kč čerpaly podniky z odvětví, kde nedošlo k poklesu produkce. Mezi nimi byly např. i firmy zabývající se informačními technologiemi. V tomto odvětví přitom v roce 2021 vzrostla hospodářská produkce oproti roku 2019 o 17,5 % a počet zaměstnanců o 9,5 %. Podporu z programu Antivirus ve výši 48,1 mil. Kč dostal i obchodní řetězec, který v době pandemie covidu-19 hospodářsky expandoval a nepřetržitě nabíral nové zaměstnance. Jeho čistý obrat se v roce 2020 oproti roku 2019 zvýšil o 10,5 mld. Kč a zisk o 336,4 mil. Kč. Počet zaměstnanců firma zvýšila o 11,1 %.

Kontroloři dále zjistili, že režim A Plus programu Antivirus připravilo MPSV v rozporu se stanovenou zásadou, podle níž měly být náklady na udržení pracovních míst sdíleny mezi státem, zaměstnavatelem a zaměstnancem. V tomto režimu stát poskytl zaměstnavatelům příspěvky na náhrady mezd ve 100% výši a vyplatil jim celkem 21,1 mld. Kč. Pokud by byla respektována zásada částečné kompenzace, snížil by se objem státem poskytnutých příspěvků na 16,7 mld. Kč. V ostatních zemích EU přitom tíži nákladů spojených s udržením pracovního místa nesli alespoň částečně zaměstnavatelé nebo zaměstnanci. I navzdory mimořádné pandemické situaci se v ČR míra nezaměstnanosti pohybovala okolo 3 % a nabídka volných míst převyšovala počet uchazečů o zaměstnání.

Poskytování příspěvků na náhrady mezd z programu Antivirus prověřoval NKÚ u 31 zaměstnavatelů a jejich 47 871 zaměstnanců. Kontroloři zjistili, že 7 % z podpořených zaměstnanců, tedy 3 363 osob, bylo následně vedeno v evidenci uchazečů o zaměstnání. Podpora v celkové výši 58,2 mil. Kč tak nevedla k zachování jejich pozic. Deset z 31 kontrolovaných firem čerpalo od státu podporu 1,9 mld. Kč na udržení pracovních míst, ačkoliv v letech 2020 a 2021 tyto firmy vyplácely podíly na zisku. Neslučitelnost čerpání podpory a vyplácení dividend zakotvilo MPSV do zákona o zaměstnanosti s účinností od července 2021.

Kromě programu Antivirus kontroloři prověřili rovněž čerpání 2,2 mld. Kč na tři projekty operačního programu „Zaměstnanost 2014−2020“ (OPZ). U těchto projektů zjistili, že část prostředků byla vynaložena neúčelně, neboť pomoc přispěla k řešení problémů jen v omezeném rozsahu. Z prostředků určených na podporu sdílených pracovních míst v projektu FLEXI pomohl Úřad práce ČR pouze 252 z původně plánovaných 3 000 účastníků projektu, tedy 8,4 %. U projektu PDU, jehož hlavním úkolem bylo zvýšení zaměstnanosti a zaměstnatelnosti dlouhodobě evidovaných uchazečů o práci, bylo do konce roku 2022 podpořeno jen 1 508 dlouhodobě nezaměstnaných, tedy 12,1 % z celkového počtu 12 490 účastníků projektu. Třetí projekt OPZ („Outplacement“) sice pomohl se zprostředkováním zaměstnání 86,8 % podpořených osob, nabízené vzdělávací kurzy však neodpovídaly jejich zájmu a vzdělání. Nenaplnil se tedy předpoklad ÚP ČR, že 4 277 účastníků získá osvědčení o absolvování vzdělávacího kurzu. To nakonec získalo pouze 50 účastníků projektu, tedy 1,2 % z předpokládaného počtu.

U České správy sociálního zabezpečení kontroloval NKÚ vyplácení krizového ošetřovného. Kontrola nezjistila nedostatky v dodržování pravidel. NKÚ ale konstatuje, že nastavené podmínky poskytování ošetřovného vedly na jaře 2020 k vysoké administrativní zátěži škol a žadatelů o krizové ošetřovné.