Důsledkem je, že kvůli svým omezeným schopnostem nemůže chemické vojsko komplexně podporovat činnost bojových jednotek AČR. Kromě toho také pouze částečně plní některé cíle výstavby schopností sil NATO, přestože se MO k jejich plnění zavázalo. Ukázala to kontrola NKÚ zaměřená na peněžní prostředky určené na radiační, chemickou a biologickou ochranu. Kontroloři zároveň upozornili, že Centrum biologické ochrany Těchonín není ani 22 let od zahájení výstavby dokončeno a neplní dvě z devíti statutárních funkcí.

Důvodem neuskutečnění 75 % plánovaných nákupů přitom nebyl nedostatek prostředků – roční investiční výdaje resortu obrany se v kontrolovaném období zvýšily o více než 226 % a MO mělo na provedení těchto 12 akcí schváleno čerpat ze státního rozpočtu celkem 6,8 mld. Kč.

Například s obměnou a doplněním protichemických izolačních oděvů se mělo – kvůli jejich končící životnosti a poklesu zásob – původně začít už v roce 2016. Avšak ani po sedmi letech nebylo MO schopno tyto oděvy, určené k ochraně specialistů chemického vojska, pořídit. V době ukončení kontroly je plánovalo nakoupit do konce roku 2025. Být vybaven protichemickými oděvy je přitom nezbytnou podmínkou úspěšné certifikace jednotek AČR vyčleňovaných do pohotovostních sborů NATO.

Minimálně o šest let bude zpožděn i nákup nových chemických rozstřikovacích automobilů (ACHR-90), které jsou určeny na dekontaminaci techniky a osob od biologických, chemických a radioaktivních látek. Automobily měly být pořízeny v letech 2022 až 2023, MO však nákup odložilo na roky 2028 až 2030. Jak tyto automobily, tak i protichemické izolační oděvy jsou součástí vybavení používaného při nasazení chemického vojska AČR do akcí integrovaného záchranného systému (IZS). Místo nových vozidel se tak pro IZS vyčleňují staré automobily, kterým skončila životnost již před mnoha desítkami let.

Závažné nedostatky zjistil NKÚ u jedné ze tří uskutečněných akcí, a to pořízení lehkých obrněných vozidel radiačního, chemického a biologického průzkumu. Ačkoliv v roce 2015 jich Ministerstvo obrany plánovalo pořídit čtrnáct, v následujícím roce zásadně změnilo požadavky a rozhodlo nakoupit 40 párů vozidel. Předpokládané výdaje tak zvýšilo o 522 %, z původních 860 mil. Kč na 5,4 mld. Kč. Tento krok MO nezdůvodnilo. Podle NKÚ nepostupovalo MO při realizaci akce v souladu se zákonem o rozpočtových pravidlech ani v souladu se zákonem o finanční kontrole. Mimo jiné proto, že se nezabývalo tím, zda poskytnutí zálohy dodavateli je ekonomicky výhodné. Celkem MO na zálohách zaplatilo téměř 4,6 mld. Kč, tedy 89 % z kupní ceny.

Výstavba Centra biologické ochrany (CBO) Těchonín byla zahájena v roce 2001 s tím, že skončí do roku 2005. Poté se termín posunul na rok 2022. Nyní MO plánuje dokončit výstavbu v roce 2027, kdy by měl být dobudován objekt pro vědu a výzkum. Ten je nezbytný k naplnění dvou statutárních funkcí centra, které v současnosti nejsou plněny. Dosud není prováděn biologický obranný výzkum a laboratorní diagnostika biologických agens (např. bakterií, virů či hub) zneužitelných k bioterorismu nebo k přípravě biologické zbraně. Tím centrum netvoří funkční celek na nejvyšším stupni biologického zabezpečení, jak bylo plánováno, a není tak plně využito. NKÚ proto vyhodnotil peněžní prostředky státního rozpočtu ve výši 3,7 mld. Kč vynaložené do konce roku 2022 na CBO Těchonín za omezeně účelné. NKÚ zjistil, že v centru nebyl v letech 2014 až 2022 hospitalizován žádný pacient. MO část jeho kapacity využívá pro vojáky v karanténě, kteří se vrátili z epidemiologicky rizikových oblastí.

Chemické vojsko AČR má více než stoletou historii, jeho jednotky se zúčastnily mimo jiné operací na území Kuvajtu, Iráku, Afghánistánu nebo na Balkáně. Mezi hlavní úkoly tohoto vojska patří zabezpečení radiačního a chemického průzkumu a nespecifického biologického průzkumu, odběr vzorků, laboratorní analýzy radioaktivních a toxických látek i varování před napadením zbraněmi hromadného ničení a únikem toxických látek. Je nasazováno i na podporu IZS, například při živelních pohromách.

Centrum biologické ochrany Těchonín je specializované zdravotnické zařízení AČR, které slouží ke komplexnímu zabezpečení biologické ochrany AČR. Jeho součástí je specializovaná infekční nemocnice pro izolaci a léčení osob se zvláště nebezpečnými a exotickými infekcemi. Je součástí IZS a je zapojeno do systému biologické ochrany NATO.