Ačkoliv ministerstvo deklarovalo, že po oddlužení nemocnic zvýší dohled nad jejich hospodařením, nestalo se tak. NKÚ to zjistil při kontrole hospodaření FN Bulovka (FNB) a FN Královské Vinohrady (FNKV) v Praze a FN u sv. Anny v Brně (FNUSA) a Ministerstva zdravotnictví (MZd) coby jejich zřizovatele. Prověrka se týkala let 2019 až 2021 a v případě věcných souvislostí i období předcházejícího či následujícího. Na vybraném vzorku kontrola také ukázala, že nemocnice většinu léků a zdravotnických prostředků pořizují mimo zadávací řízení. Na tuto praxi přitom poukázala již kontrolní akce NKÚ č. 17/19 (ZDE).

Kontrolované FN ve svém hospodaření opakovaně vykazovaly kumulovanou ztrátu, již nebyly schopny uhradit zlepšeným hospodářským výsledkem. Tuto jejich nepříznivou finanční situaci řešilo MZd v roce 2020 na základě usnesení vlády jednorázovým příspěvkem na oddlužení, který u jmenovaných nemocnic činil celkem 3,4 mld. Kč. NKÚ zjistil, že z prostředků na oddlužení použila FNB 9,3 mil. Kč a FNUSA dokonce 646,2 mil. Kč v rozporu se stanovenými podmínkami – např. na úhradu závazků před splatností. FNB a FNUSA neplnily určené úkoly nejhospodárnějším způsobem, protože financováním dluhů jim v letech 2016 až 2022 vznikly vícenáklady na úroky či poplatky v celkové výši 105,6 mil. Kč. (67,1 mil. Kč u FNB a 38,5 mil. Kč u FNUSA). FNB navíc neuspořila 21,3 mil. Kč, protože uhradila dlouhodobé závazky před splatností i se souvisejícími úroky v plné výši. Podle názoru NKÚ bylo oddlužení FN v roce 2020 nesystémovým opatřením, protože řešilo pouze následky, nikoliv příčinu zadlužování.

Další mimořádné příspěvky ve výši 1,4 mld. Kč poskytlo MZd ze státního rozpočtu kontrolovaným FN na odměny pracovníkům vystaveným riziku onemocnění covid-19 a na záložní polní nemocnici v Praze – Letňanech. Ta byla zřízena na základě usnesení vlády v souvislosti s prevencí šíření onemocnění covid-19. Zřízení a provoz polní nemocnice ministerstvo následně refundovalo FNB částkou 88,2 mil. Kč, aniž by provedlo řádnou finanční kontrolu. Ačkoliv šlo o provozní neinvestiční příspěvek, kontrola NKÚ ukázala, že MZd zaplatilo i investiční náklady ve výši 1,4 mil. Kč. MZd dalšími 1,5 mil. Kč refundovalo nákup majetku (např. notebooků), který FNB nevyužívala ke zřízení a provozu polní nemocnice.