Kontrola ukázala, že modernizace dálnice D1 není dokončena, na opravených částech zůstávají mosty a nadjezdy ve stavu ohrožujícím bezpečnost dopravy a opravenou vozovku poškozují přetížené kamiony, což zkracuje její životnost. Kontroloři dále upozornili na nekvalitní odstraňování závad, které vytváří nerovnosti na vozovce a má negativní vliv na jízdní komfort. Z kontroly dále vyplynulo, že není dokončena modernizace některých odpočívek a stále chybí parkovací místa pro kamiony. MD se kvalitou modernizace, počty a příčinami závad na modernizovaných úsecích dálnice nezabývalo. MD ani ŘSD modernizaci dálnice D1 zatím souhrnně nevyhodnotily.

Modernizace dálnice D1 není dokončena. V listopadu 2022, tj. v době ukončení kontroly NKÚ, nebylo kolaudováno osm modernizovaných úseků, z toho v pěti případech byla kolaudace teprve v přípravě. Celkovým časovým a finančním plánem všech projektů potřebných pro dokončení modernizace ŘSD, MD ani SFDI nedisponují.

Ačkoliv cílem modernizace bylo kromě zvýšení bezpečnosti provozu i zvýšení komfortu uživatelů dálnice, nekvalitní stavební práce a problematické odstraňování některých závad komfort jízdy naopak snižují. Vozovku výrazně poškozují a její životnost zkracují i časté jízdy přetížených vozidel. V březnu a dubnu 2022 bylo jedinou pořízenou vysokorychlostní váhou na dálnici D1 zjištěno 17 216 případů porušení hmotnostních limitů vozidel. V dalších měsících byla váha nefunkční. Příslušnému silničnímu správnímu úřadu v Jihlavě ale ŘSD do doby ukončení kontroly NKÚ předalo jen 448 podnětů k zahájení řízení o přestupku. MD se výsledky vysokorychlostního kontrolního vážení vozidel ani počty jízd přetížených nákladních vozidel nezabývalo.

Na modernizované části dálnice D1 mezi Mirošovicemi a Kývalkou je 164 dálničních mostů a 46 nadjezdů. Jedním z cílů modernizace dálnice bylo zajistit jejich dobrý stav, protože ten je nezbytný pro bezpečný a plynulý provoz. Kontrola NKÚ ukázala, že devět mostů a tři nadjezdy zůstaly ve špatném nebo velmi špatném stavu. Jejich opravy a rekonstrukce řeší ŘSD samostatnými projekty. Časový a finanční plán realizace těchto projektů však není závazně stanoven. MD skutečný postup oprav mostů a nadjezdů nesleduje a nemá přehled o jejich aktuálním stavu ani o průběhu jejich oprav. NKÚ na tyto skutečnosti upozornil již v roce 2020 (kontrolní akce č. 19/10). MD ani ŘSD problémy s mosty účinně neřešily.

Příkladem velmi špatného stavu je obloukový 253,52 metru dlouhý most Šmejkalka. V červnu 2022 ŘSD zajistilo provizorní podepření nosné konstrukce mostu pro zajištění jeho provozuschopnosti do doby rekonstrukce. Termín dokončení rekonstrukce mostu však zatím není znám. Původně měla být hotova do prosince 2015. ŘSD ale rekonstrukci mostu z modernizace dálnice D1 vyňalo a řeší ji samostatně. Provoz na dálnici ohrožuje i velmi špatný stav dálničního nadjezdu u Hrusic. O potřebě jeho neodkladné rekonstrukce vědělo ŘSD již od roku 2019. Při modernizaci dálnice D1 ji ale neřešilo s odůvodněním, že se jedná o most jiného vlastníka. MD se řešením špatného stavu tohoto nadjezdu nezabývalo, stejně tak jako řešením stavu nebezpečného nadjezdu nad modernizovaným úsekem č. 16 u Jihlavy. Tento nadjezd byl speciálním stavebním úřadem v Jihlavě označen za stavbu ohrožující zdraví a životy osob i bezpečnost a plynulost provozu na dálnici. Nadjezd nemá určeného vlastníka a dlouhodobě není udržován.

Kontroloři zjistili, že dokumentace ŘSD týkající se zjištění a řešení závad byla neúplná, podle příkladů uvedených v kontrolním závěru NKÚ až chaotická, obsahující rozpory a nejasnosti. Hrozí tedy riziko komplikací při reklamačních řízeních. ŘSD kontrolorům předložilo doklady k reklamacím jen na 13 z 20 modernizovaných úseků. Předložených 145 reklamací obsahovalo 605 různých závad, jako jsou olámané hrany cementobetonových desek, výtluky aj. Další reklamace ŘSD řeší. ŘSD v rozporu s uzavřenými smlouvami a svými vnitřními předpisy nezajistilo, aby dodavatelé prováděli opravy závad kvalitně a ve stanovených termínech. Opakovaný vznik závad svědčí o nekvalitním provedení oprav.

Na modernizované části dálnice D1 zůstává nedostatek parkovacích míst pro těžká nákladní auta. ŘSD při modernizaci dálnice počet těchto parkovacích míst navýšilo o 169, což je ale jen cca 55 % chybějící kapacity. Kontrola dále odhalila, že v letech 2015 a 2020 nebyly v rozpočtech SFDI na modernizaci dálnice určeny žádné peněžní prostředky, přestože některé projekty byly rozpracovány a bylo nezbytné zajistit financování jejich dokončení. Takovýto způsob financování považuje NKÚ za nesystémový.

Prověřováno bylo období od roku 2016 do listopadu 2022, kdy byla kontrola NKÚ ukončena. Její průběh byl negativně ovlivněn kybernetickým útokem na informační systémy ŘSD, v jehož důsledku byly některé doklady a informace nedostupné.