Ministerstvo podle kontrolorů nemá jasně stanovené cíle podporovaných programů ani jasná hodnoticí kritéria. Nemůže tak posoudit, jaký měly vyplacené prostředky dopad. Při rozdělování dotací navíc postupovalo netransparentně a porušovalo svá vlastní pravidla. Nefungovala ani kontrola příjemců ze strany MŠMT. Pochybení našel NKÚ také u samotných příjemců dotací.

Z materiálů MŠMT není jasné, čeho chce podporou práce s dětmi a mládeží dosáhnout. Nemá tedy podle čeho hodnotit, jestli měly rozdělené dotace skutečný dopad. Jediným ukazatelem, který resort sleduje, je objem peněz vydaných ze státního rozpočtu na jednotlivé projekty. Podporu přitom od něj dostává každý rok více než stovka organizací.

Podle kontrolorů postupovalo ministerstvo v letech 2014 a 2015 při rozdělování dotací netransparentně. Nezveřejnilo žádná kritéria, podle kterých se měly žádosti NNO o dotaci posuzovat a vybírat. Výběr projektů ministerstvo zprůhlednilo až v roce 2016.

MŠMT také při rozdělování dotací porušovalo svá vlastní pravidla i právní předpisy. V roce 2014, kdy došlo k navýšení prostředků na práci s dětmi a mládeží, mohli příjemci požádat o navýšení už schválené dotace o 10 % nebo 20 %. U čtyř z nich ale ministerstvo dotaci navýšilo o přibližně 90 % až 360 % původní částky. Ministerstvo je tak zvýhodnilo a vytvořilo pro příjemce nerovné podmínky.

Využití rozdělených dotací MŠMT také dostatečně nekontrolovalo. Bez připomínek například přijalo vyúčtování, z nichž bylo zřejmé, že příjemci zaplatili z dotací i neuznatelné náklady. Jednomu příjemci tak uznalo vyúčtování mezd za prosinec 2013 u projektu, který probíhal až v roce 2014. Některým příjemcům například uznalo vyúčtování, ve kterém byly náklady na pohoštění, což podmínky dotace výslovně zakazovaly.

Příjemci museli ve vyúčtování předložit jen soupis výdajů projektu s vyznačením té části, na kterou dostali dotaci. Na co skutečně prostředky použili, tak mohlo ministerstvo zjistit jedině kontrolou u příjemců. Ani ta ale nebyla důsledná. NKÚ prověřil i projekty, u kterých MŠMT žádné nedostatky nenašlo. Kontrola NKÚ ale odhalila vážné chyby.

Nedostatky zjistil NKÚ také u příjemců dotací. Někteří například zahrnuli stejné doklady do vyúčtování u více projektů. Příjemci také použili část dotace na něco jiného než na schválený projekt a dotaci přitom nevrátili. Jeden příjemce například vyúčtoval náklady na energie a služby o téměř 307 tisíc korun vyšší, než byla skutečnost. Jiný příjemce vedl účetnictví tak, že v něm ani nešlo dohledat, jak s dotací skutečně naložil.

U šesti příjemců měl NKÚ podezření na porušení rozpočtové kázně, a proto podal oznámení příslušnému finančnímu úřadu.