Generální ředitelství cel (GŘC) odhadovalo, že do roku 2013 se roční úniky na spotřební dani z lihu pohybovaly od 1 do 2 miliard korun. Na efektivitu správy spotřební daně z lihu negativně dopadá nevhodná právní úprava. Celní správa dostatečně nekontrolovala daňové subjekty. Ani opatření zavedená po tzv. metanolové aféře, jako jsou nová podoba kontrolních pásek, kamery v místech značení lihu nebo zavedení prodeje lihovin jako koncesované živnosti, nedokáží zabránit prodeji závadných a nezdaněných lihovin.

Jedním z nástrojů, které měly sloužit ke zvýšení efektivity kontroly prodeje lihu, bylo v roce 2005 zavedení kontrolních pásek pro označování lihovin. Podle GŘC u vzorku 16,5 milionu pásek vykázaly daňové subjekty jako zničené nebo ztracené 3,9 milionu pásek. Ty jsou podle kontrolorů rizikové, protože mohou být zneužity k prodeji lihovin vyrobených z nezdaněného lihu. Na konci roku 2013 byla zavedena jako další nástroj pro lepší kontrolu nakládání s lihem nová, individualizovaná podoba kontrolních pásek. Právní předpisy ale subjektům neukládají povinnost vést evidenci pásek podle individuálního kódu. Jejich registr tak postrádá smysl.

Další nástroj, který podle NKÚ selhal, je kontrola denaturace lihu, tedy znehodnocení lihu pro použití k výrobě lihovin. Denaturovaný líh je přitom osvobozen od spotřební daně. Při jeho nedostatečné kontrole proto může hrozit riziko nelegálního použití lihu původně určeného k denaturaci k výrobě lihovin.

Omezené jsou i možnosti celních úřadů kontrolovat dopravu lihu. Celníkům komplikuje kontrolu například příliš dlouhá lhůta, kterou mají subjekty nakládající s lihem na to, aby oznámily, že líh doputoval do místa určení. Mají na to pět dní, během nichž může být dopravovaný líh zpracován, a celní správa tedy nemá po uplynutí této lhůty už co kontrolovat. Celníci také nemohou zkrátit dobu dopravy, kterou navrhuje daňový subjekt, což umožňuje opakovanou dopravu lihu na jeden daňový doklad.

Očekávané zkvalitnění kontroly nepřineslo ani plošné zavedení povinnosti nainstalovat kamery do míst, kde se líh označuje. V zákonné lhůtě 3 měsíců zvládlo tuto povinnost naplnit jen 5 % osob povinných značit líh. Navíc nejméně u šesti celních úřadů kontrolovaných NKÚ se ukázalo, že záznamy jsou kvůli nedostatečné kvalitě jen obtížně využitelné. Negativní dopad na kontrolu má i nedostatek přesných a včasných informací o pohybu lihu. Celní úřady navíc nemohou plně využívat data z několika informačních systémů, kterými disponují. Ty totiž nejsou vzájemně plně propojeny. Až do roku 2014 měla celní správa také nevhodně nastavený vnitřní kontrolní systém, a neodhalila proto významné nedostatky při správě daně.

Kontroloři se zaměřili i na výběr spotřební daně u tabákových výrobků. Mezi lety 2004 až 2014 se sazba spotřební daně u tabákových výrobků devětkrát změnila. Problém předzásobení výrobky se „starou“ sazbou ale zákon řešil čtyřmi protichůdnými způsoby a novela zákona, která fenoménu předzásobování skutečně zabraňuje, je účinná až od prosince 2014. Kvůli předzásobení prodejců cigaretami se starší sazbou vybral stát na spotřební dani z tabáku mezi lety 2012 až 2014 podle kvalifikovaného odhadu NKÚ o 1,4 miliardy korun méně, než mohl. Celní orgány navíc nekontrolovaly, jestli daňové subjekty uplatnily „starou“ sazbu daně v souladu s právními předpisy.

NKÚ také upozornil na personální zajištění celní správy. I když se celní správě postupně v průběhu let navyšovaly kompetence, počet zaměstnanců naopak významně klesal. Mezi lety 2007 až 2014 se snížil o 20 %. Po vypuknutí metanolové kauzy celní úřady zlepšily a zefektivnily kontroly, mnohdy jim ale jejich činnost znesnadňují zákonem nastavené podmínky a další okolnosti. Ministerstvo financí bylo ze strany GŘC na tyto skutečnosti dlouhodobě upozorňováno.