Kontrola ukázala, že reforma nebyla dostatečně připravena, především v prvních letech ji provázely problémy. Například účetní předpisy spojené s reformou, které tvořilo MF, byly v letech 2010 až 2014 nejednoznačné. Ze 17 kontrolních akcí ověřujících účetní závěrky organizačních složek státu za uvedená účetní období se NKÚ kvůli tomu v 11 kontrolních závěrech ke spolehlivosti účetní závěrky nemohl vyjádřit. Některé další účetní oblasti zůstávaly v době kontroly stále neupravené. Metodickou podporu, která by účetním jednotkám pomohla se zavedením změn do jejich praxe, MF poskytovalo až od roku 2011. Ve výsledku se opozdilo první sestavení účetních výkazů za celou Českou republiku o šest let.

Smyslem reformy bylo, aby účetní jednotky veřejného sektoru vykazovaly komplexnější a užitečnější informace o hospodářské situaci státu. Z vydaných stanovisek NKÚ ke spolehlivosti účetních závěrek organizačních složek státu v době po zahájení reformy vyplývá, že v řadě případů tyto jednotky nevykazovaly spolehlivé účetní informace. Z 11 účetních závěrek, ke kterým se NKÚ ve svých kontrolách vyjádřil, podávala účetní závěrka dané instituce věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví jen ve dvou případech bez výhrad.

Situace se v tomto ohledu nicméně postupně zlepšuje – z kontrol NKÚ totiž vyplývá, že u kontrolovaných institucí, u kterých jsou takto zaměřené kontroly prováděny opakovaně, se snižuje chybovost vykázaných údajů. Pozitivním příkladem je Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy či Česká správa sociálního zabezpečení.

Kontroloři se dále zaměřili na využívání akruálních účetních informací v praxi. Ministerstvo financí tyto informace využívá zejména pro sestavování účetních výkazů za ČR, ČSÚ pak pro sestavení národních účtů. K provázání účetnictví a státního rozpočtu, s čímž se na začátku reformy počítalo, nedošlo. To by přitom mělo smysl, neboť stát má díky reformě komplexnější informace o nárocích na budoucí rozpočty. Účetní reforma také nevedla k využívání akruálních účetních informací na úrovni závěrečných účtů kapitol státního rozpočtu či na úrovni státního závěrečného účtu. V součtu tak potenciál akruálních dat získaných díky reformě MF plně nevyužívá.

Účetní reforma v oblasti veřejných financí představuje i přes popsané problémy krok správným směrem. NKÚ však doporučuje, aby MF zvyšovalo povědomí o užitečnosti akruálních účetních informací. Vyžadovány by také měly být pouze informace, které jsou skutečně využívány. NKÚ dále doporučuje, aby byla akruální data využívána při sestavování státního rozpočtu, státního závěrečného účtu i závěrečných účtů jednotlivých kapitol státního rozpočtu. MF by také mělo opravit zbývající problémové oblasti v účetních předpisech. V opačném případě bude přínos reformy omezený.

Smyslem účetního výkaznictví subjektů veřejného sektoru je poskytovat spolehlivé informace o jejich finanční situaci a výkonnosti, na základě kterých by jejich uživatelé mohli přijímat vhodná ekonomická rozhodnutí. Akruální účetní informace také pomáhají k transparentnějšímu skládání účtů.