Kontrola probíhala také u organizací, které pod resort spadají - Koordinačního střediska pro resortní zdravotnické informační systémy1, které provozovalo zdravotnické registry, a Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS), který sbírá a vyhodnocuje data určená pro registry. Kontroloři odhalili nedostatky spojené s vytvářením některých registrů i jejich využíváním. NKÚ proto oznámil finančnímu úřadu podezření na porušení rozpočtové kázně ve výši 27 milionů korun. Některé z problémů pramenily i z toho, že MZd vytvořilo strategii elektronizace zdravotnictví až mnoho let poté, co už elektronizace fakticky začala.

Strategii elektronizace zdravotnictví vytvořilo MZd až v roce 2016, osm let poté, kdy na strategii začalo pracovat. Ta počítala s vybudováním Národního centra elektronického zdravotnictví. Toto centrum mělo koordinovat již fakticky zahájenou elektronizaci zdravotnictví a související projekty. Centrum ale do konce kontroly nevzniklo.

Jedním z důsledků chybějící strategie byl i vznik dvou registrů za více než 4,7 milionu korun, které nebyly nasazeny do ostrého provozu nebo nebyly využívány. Jeden z nich – Registr intenzivní péče – nebyl spuštěn kvůli tomu, že při jeho vytváření Koordinační středisko nenavázalo spolupráci s nemocnicemi, přitom právě pro ně byl určen. Nemocnice později odmítly registr využívat a přispívat do něj svými daty a dál používaly své informační systémy. Koordinační středisko navíc registr pořídilo i přesto, že ho k tomu nepověřilo Ministerstvo zdravotnictví a zřízení registru nevyplývalo ani ze zákona či jiných právních předpisů. Vybudování tohoto registru NKÚ vyhodnotil jako porušení rozpočtové kázně ve výši téměř dvou a půl milionu korun.