Kontrola probíhala také u organizací, které pod resort spadají - Koordinačního střediska pro resortní zdravotnické informační systémy1, které provozovalo zdravotnické registry, a Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS), který sbírá a vyhodnocuje data určená pro registry. Kontroloři odhalili nedostatky spojené s vytvářením některých registrů i jejich využíváním. NKÚ proto oznámil finančnímu úřadu podezření na porušení rozpočtové kázně ve výši 27 milionů korun. Některé z problémů pramenily i z toho, že MZd vytvořilo strategii elektronizace zdravotnictví až mnoho let poté, co už elektronizace fakticky začala.

Strategii elektronizace zdravotnictví vytvořilo MZd až v roce 2016, osm let poté, kdy na strategii začalo pracovat. Ta počítala s vybudováním Národního centra elektronického zdravotnictví. Toto centrum mělo koordinovat již fakticky zahájenou elektronizaci zdravotnictví a související projekty. Centrum ale do konce kontroly nevzniklo.

Jedním z důsledků chybějící strategie byl i vznik dvou registrů za více než 4,7 milionu korun, které nebyly nasazeny do ostrého provozu nebo nebyly využívány. Jeden z nich – Registr intenzivní péče – nebyl spuštěn kvůli tomu, že při jeho vytváření Koordinační středisko nenavázalo spolupráci s nemocnicemi, přitom právě pro ně byl určen. Nemocnice později odmítly registr využívat a přispívat do něj svými daty a dál používaly své informační systémy. Koordinační středisko navíc registr pořídilo i přesto, že ho k tomu nepověřilo Ministerstvo zdravotnictví a zřízení registru nevyplývalo ani ze zákona či jiných právních předpisů. Vybudování tohoto registru NKÚ vyhodnotil jako porušení rozpočtové kázně ve výši téměř dvou a půl milionu korun.

U dalších registrů kontroloři odhalili nedostatky ve výběrových řízeních. Šlo například o Registr nelékařských pracovníků a Registr výzkumných a inovativních projektů v jednotné technologické platformě. U těch se ukázalo, že při jejich pořizování Koordinační středisko porušilo zákon o veřejných zakázkách, neboť zadalo zakázky vybraným dodavatelům pomocí rámcové smlouvy, která se ale těchto konkrétních systémů nijak netýkala. Tento postup NKÚ vyhodnotil také jako porušení rozpočtové kázně za více než 24 milionů korun.

V letech 2009 až 2017 vzniklo 43 zdravotnických registrů za téměř 130 milionů korun, jejich roční provoz stojí přes 70 milionů korun.

Od roku 2016 začal ÚZIS vytvářet Národní registr hrazených zdravotních služeb. Registr by měl výrazně zvýšit kvalitu zdravotnických informací, které bude mít stát k dispozici. Na rozdíl od stávajících registrů, které získávají data od lékařů, nemocnic a dalších poskytovatelů zdravotních služeb, bude získávat údaje od zdravotních pojišťoven. Do ukončení kontroly se ho však nepodařilo spustit v ostrém provozu. Důvodem bylo to, že předávání dat do registru založil ÚZIS na využívání služeb eGovernmentu provozovaných Ministerstvem vnitra – konkrétně šlo o službu týkající se anonymizace dat pojištěnců. Tyto služby ale nebyly v době přípravy registru pro tento účel jednoduše a bez nutnosti spolupráce s Ministerstvem vnitra využitelné. Ministerstvo zdravotnictví nezvládlo tento zásadní předpoklad funkčnosti vyřešit ani do ukončení kontroly NKÚ.

1] Necelý měsíc po zahájení kontroly ministr zdravotnictví zrušil Koordinační středisko a plněním jeho úkolů pověřil ÚZIS.